后甲里断层（英语：Houchiali Fault），位于台湾岛嘉南平原的活动断层，属于逆移断层，约呈南北走向，共长12公里，由台南市永康区向南延伸至虎山。
根据钻井资料、地球物理探勘，与井下岩芯剪切变形带的深度分布，可发现后甲里断层是一个向西斜的逆断层；在地表上无法发现此断层，可能此断层并无截穿至地表，属于盲断层。
根据全球定位系统的测量与分析，后甲里断层上下盘在水平方向有明显的变化量；根据跨断层剖面速度场变化的分析，在1999至2006年间，后甲里断层是逆断层并有右移分量。根据精密水准测量分析，台南台地每年有15毫米的垂直位移，显示台地有明显的抬升趋势，研判后甲里断层为一活跃的构造。
后甲里断层，在六双层内具有错移现象，其断层前缘研判造成台南层的褶皱与小型破裂，列为第二类活动断层。
