后甲里断层(英语:Houchiali Fault),位于台湾岛嘉南平原的活动断层,属于逆移断层,约呈南北走向,共长12公里,由台南市永康区向南延伸至虎山。
根据钻井资料、地球物理探勘,与井下岩芯剪切变形带的深度分布,可发现后甲里断层是一个向西斜的逆断层;在地表上无法发现此断层,可能此断层并无截穿至地表,属于盲断层。
根据全球定位系统的测量与分析,后甲里断层上下盘在水平方向有明显的变化量;根据跨断层剖面速度场变化的分析,在1999至2006年间,后甲里断层是逆断层并有右移分量。根据精密水准测量分析,台南台地每年有15毫米的垂直位移,显示台地有明显的抬升趋势,研判后甲里断层为一活跃的构造。
后甲里断层,在六双层内具有错移现象,其断层前缘研判造成台南层的褶皱与小型破裂,列为第二类活动断层。