危地马拉历史源于在公元前18000至11000年人类在此定居。在哥伦布来到之前，与外界接触不多的中美洲仍有文明不断发展和繁荣。在公元前2000年至250年，玛雅文明在中美洲的危地马拉占主导。
早期来到中美洲的人们从事狩猎和采集。时间追溯到公元前6500年，在高地的基切和中美洲沿海海岸的发现可以证明这些。
危地马拉的前哥伦布时代可分为前古典时期（从公元前2000年到公元250年），古典时期（250〜公元900年）和后古典时期（900〜1500年）。
从4世纪到10世纪危地马拉的佩滕低地地区是玛雅文化的中心。这个时期的特点是城市建设的扩大，独立城邦的发展，并与其他中美洲文化的接触。这一直持续到约公元900年，古典玛雅文明的崩溃。玛雅人放弃了许多中央低地的城市或在干旱导致的饥荒死亡。10世纪末低地地区的玛雅文化消失后在中央高地地区仍然存在。
1524年西班牙人来到危地马拉，摧毁了当地的玛雅文化并开始殖民危地马拉。由于西班牙殖民者的消灭政策，几乎所有此前的玛雅书籍都遭销毁殆尽，仅少数残存至今。
1821年9月15日危地马拉等中美洲国家宣布脱离西班牙统治。1824年到1839年危地马拉为中美洲联邦的一员，直到1840年危地马拉才完全独立。
1841年到1871年何塞·拉斐尔·卡雷拉·图尔西奥斯及其之后的保守派人士组织危地马拉政府。他们为保护自身利益，试图保留殖民时期留下来的等级制度，并不重视国家经济现代化。
1871年胡斯托·鲁菲诺·巴里奥斯·奥延的自由党政权开始执政到1944年国家才开始致力于经济现代化。同时美国主导的联合果品公司也开始收购危地马拉大面积的咖啡和香蕉庄园并介入危地马拉的政治。
美国联合果品公司（UFC）从1901年开始成为危地马拉的主要力量。那时危地马拉的总统职位长期由曼努埃尔·埃斯特拉达·卡布雷拉（英语：Manuel Estrada Cabrera）和豪尔赫·乌维科（英语：Jorge Ubico）将军担任。在20世纪30年代乌维科的独裁统治时期，他鼓励外国投资，尤其是对联合果品公司扩大特殊照顾。
1944年十月革命后前独裁者乌维科被推翻，危地马拉实行民主与言论自由，危地马拉史上第一部保护工人利益的法律生效，1950年到1954年执政的瑞士裔哈科沃·阿本斯（Jacobo Arbenz Guzmán）总统施行了土地改革。当时仅全国人口2%的大地主却占有全国约70%的可耕地，而阿本斯开出土地改革的支票，承诺买下大地主持有的土地并重新分配给小农。阿本斯以此赢得选举，土地改革计划也立刻实行。针对拥有土地大于223英亩的地主，只要有未用于生产的土地便要征收。最后从1059个农场征收了平均4300英亩的土地，约有十万名农民得到这些土地的所有权。
联合果品公司在危地马拉拥有其最大的庄园，而且还拥有中美洲国际铁路公司和危地马拉仅有的一个海港。在联合果品公司的驱使下，美国外交部开始对危地马拉展开宣传战，以反共的名义打击阿本斯政权。中央情报局与危地马拉军队中的反对派合作，展开了所谓Operation PBSUCCESS的行动。1954年阿本斯政权被推翻，阿本斯总统流亡海外，卡斯蒂略·阿马斯（英语：Carlos Castillo Armas）成为新的独裁者。阿马斯新政府立刻废除前阿本斯政府所作的改革。1957年阿马斯被刺，讽刺的是他的继承人是一个在40年代独裁政府中就已经以其血腥出名的军人米格尔·伊迪戈拉斯·富恩特斯（英语：Miguel Ydígoras Fuentes）。
不满阿本斯政权被推翻的农民组织了一支游击队，开始与政府军展开长达36年的内战，直到1996年交战双方才签署一份和平条约，正式结束内战。这场内战中约数十万人丧生，上百万人流离失所。危地马拉军队对原住民玛雅人的迫害近似种族灭绝，仅1982年9月里奥斯·蒙特当政时期就有9000位玛雅人惨遭杀害。1983年起危地马拉政府逐步减少迫害原住民，国家重启民主化历程，1985年重新举行大选。但全国人民贫富不均的现象依然没法解决，今天仅占1%的少数人却拥有危地马拉60%以上的可耕地和财富。
在1999年11月7日，危地马拉举行的总统选举中，阿方索·波蒂略当选为总统。在2007年总统选举中，中间偏左的阿尔瓦罗·科洛姆胜出。
