斗六厅（とろくちょう ）为台湾日治时期行政区划之一，设立于1901年（明治三十四年）11月至1909年10月间。斗六厅治设于斗六堡斗六街，管辖斗六堡、溪洲堡、他里雾堡、沙连堡、鲤鱼头堡、西螺堡、打猫东顶堡、打猫北堡、大槺榔东顶堡、尖山堡、海丰堡、布屿堡、大坵田堡、白沙墩堡、茑松堡。斗六厅下辖有林圯埔、崁头厝、土库、西螺、北港、下湖口、仑背等七支厅。其范围包含现今云林县全境、南投县竹山镇和鹿谷乡。
1901年11月，台湾总督府以办务署负责地方政务，而县及厅介于总督府与办务署之间，造成行政事务上的欠缺灵活 ，而废止“三县四厅”，设“二十厅”之行政单位，将原先的台中县分为苗栗、台中、彰化、南投、斗六等五厅，斗六厅因而设立。斗六厅成立初期，当地治安事件仍频传，故有增设警力配置的必要；林圯埔支厅的地势地势复杂管理不易，于是于1902年4月在林圯埔支厅劳水坑派出所的位置增设“劳水坑支厅”。1902年11月，原隶属斗六厅西螺堡的菜公沟庄、水尾庄、新厝庄和牛埔庄等4庄改隶于彰化厅。1905年3月，劳水坑支厅和他里雾支厅废止，并入林圯埔、崁头厝和土库支厅；水井庄由北港支厅改隶属下口湖支厅；林圯埔支厅高厝林仔头庄下的刈菜园改隶属于桶头庄之下。1906年4月，中崁头厝区樟湖庄下的十三石种、土地公坑、溪洲仔删除。而为了强化对蕃地的管理，原由斗六厅所属的峦大社于1907年改隶属南投厅。
1909年10月，台湾总督府将原有之二十厅合为十二厅，斗六厅废止，林圯埔支厅（沙连堡、鲤鱼头堡）并入南投厅，其余并入嘉义厅。
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