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马日䃅年轻时已传承了马融的学说，并且以才学入仕朝廷。在东汉曾任谏议大夫，并与议郎卢植、议郎蔡邕、杨彪等一同在东观典校官藏的《五经》记传，并补续《东观汉记》。后来转任光禄大夫。初平二年（191年）转任太尉。
初平三年（192年），司徒王允与吕布等杀死董卓，蔡邕因董卓被杀而叹息，惹怒王允将他收捕下廷尉，士大夫大多都尝试拯救但不果，马日䃅向王允劝说：“蔡邕是旷世逸才，并且熟知两汉的事，应该让他继续修史，以为一代大典。而且蔡邕一向以忠孝著名，而现在他没有犯什么罪名，这样诛杀会令人民失望。”但王允却辩驳：“当日汉武帝没有杀司马迁，令他写了毁谤的书（史记）并流传后世。现在东汉衰落，四处都有征战，不可以让佞臣在幼主（汉献帝）身边写史书。不但无益于皇帝的圣德，更令我们等人遭到他的非议。”马日䃅亦向人称王允杀蔡邕断绝史书写作是灭掉国纪、废弃国典，并认为他不会在位太久。
同年，原董卓部将李傕等人攻陷长安，杀死主政的王允并把持朝政；马日䃅转任太傅，录尚书事。一个月后与太仆赵岐持节安抚天下，顺道拜授袁术为左将军、阳翟侯及假节。马日䃅到了寿春后多次有求于袁术，于是袁术轻侮马日䃅，借故向他取符节观看后抢夺不还，并促他征辟其麾下将士。马日䃅见不能索回符节，于是要求离去，但又被袁术阻止，试图强逼马日䃅任其军师。马日䃅因符节被抢感到屈辱，于兴平元年（194年）在寿春忧愤呕血而死。死后被孔融指责其欲拉拢袁术负有过失以致引祸上身，因此未获得朝廷加礼。
