塞尔维亚和黑山国旗是于1991年至2006年间使用的历史旗帜，始自1991年11月18日南斯拉夫联盟共和国（南联盟）通过续用的南斯拉夫社会主义联邦共和国国旗，后于1992年4月27日启用修改后的新版旗帜，其后南联盟于2003年更名为塞尔维亚和黑山国家联盟（塞黑），最终塞黑因黑山于2006年宣布独立而瓦解，该旗也随之停用。
除了长宽比不同外，塞黑国旗与原南斯拉夫社会主义联邦共和国（1943－1992年）国旗基本相同，相异处在于移除中央的红星。国旗由斯拉夫颜色红、白、蓝三色条纹组成，长宽比为1：2，与倒反的荷兰国旗类似。
塞尔维亚和黑山国旗源自于南斯拉夫王国使用的南斯拉夫国旗，该旗后被实施共产主义的南斯拉夫社会主义联邦共和国（南斯拉夫联邦）修改沿用，旗帜中央被加上红星。在共产政权随东欧剧变垮台及国家重组为南斯拉夫联盟共和国（南联盟）后，该国最初保留了南斯拉夫社会主义联邦共和国的国旗设计，但南联盟于1992年4月27日启用新国旗，移除中央象征共产主义的红星，南联盟也成为欧洲最后一个自其国旗去除红星的国家。但由于联合国安理会第777号决议（英语：United Nations Security Council Resolution 777）不允许南联盟继承南斯拉夫社会主义联邦共和国的联合国成员资格，南联盟政府则认为该国是前南斯拉夫联邦的直接延续而拒绝以重新申请的方式加入联合国，导致带有红星的旧南斯拉夫联邦国旗于1999－2000年间仍持续在联合国总部大楼外飘扬。2000年，南联盟最终透过申请成功加入联合国，旧国旗也被南联盟国旗取代。
1992年修改国旗的决定在部分南联盟的社会主义政党间引发争议，塞尔维亚图廷的塞尔维亚社会党议员在新国旗启用后拒绝继续在议会工作，理由是“议会的办公室内悬挂着另一个国家的国旗”。同时，国际奥林匹克委员会也不允许南斯拉夫运动员在巴塞罗那举办的1992年夏季奥林匹克运动会上使用新国旗参赛，该国运动员最终使用奥林匹克会旗以独立奥运参赛者的身份参加该届奥运。
2003年，南联盟更名为松散的联邦塞尔维亚和黑山，同时该国对使用新的国名和国家象征上存在争议。新制定的《塞尔维亚和黑山宪法（英语：Constitutional Charter of Serbia and Montenegro）》规定直到新象征的相关法律被提交至塞尔维亚和黑山议会（英语：Parliament of Serbia and Montenegro）（必须在新议会开议后60天内）前都禁止使用旧南斯拉夫标志。但有部分人士认为变更国旗并无意义，因为当时塞尔维亚和黑山各自的地区旗帜与原南联盟国旗的差异仅在于中间蓝色条纹的深浅；也有人认为由于塞、蒙双方无法在新国旗方面看法一致，因此试图改变国旗是没有意义的。而塞尔维亚和黑山两方的代表团实际上也确实无法就新旗帜达成共识，因此塞黑最终继续使用原南联盟的国旗直至2006年联邦解体。期间，部分的塞、蒙人民开始拒绝认同该旗帜，转而使用旧南斯拉夫联邦的国旗，原因是怀旧及来自国际社会的遗弃感。黑山则反对继续使用旧旗帜作为代表，并于2004年在其联邦构成国境内通过一面新旗帜取代塞黑国旗，但直到2006年黑山议会宣布脱离联邦独立前，该旗仍是联邦境内的区域旗帜。
在南联盟改名为塞尔维亚和黑山引发的争议期间，欧洲足球联合会联盟允许塞尔维亚和黑山国家足球队继续使用南联盟的旗帜和球衣，因此该旗后来成为塞黑的国家足球队代表。2006年联邦解体后不久，塞尔维亚和黑山国家足球队使用原（南联盟）旗帜参加2006年国际足联世界杯，但该支球队代表的是一个不再存在国家，同时也不是使用塞黑的国旗，因为塞尔维亚和黑山两国在独立后皆采用了各自的新国旗。
黑山于2006年举行独立公投终止与塞尔维亚的联邦关系，塞尔维亚议员也全票通过解散联邦并宣布独立。2006年6月5日，塞尔维亚和黑山国旗自贝尔格莱德的国会大厦降下；塞尔维亚军事总部外的国旗亦在时任国防部长佐拉米·斯坦科维奇（英语：Zoran Stanković）的监督下，伴随塞黑国歌《嘿，斯拉夫人》隆重降下。两国在联邦解体后皆采用各自的国旗，黑山接续使用其于2004年通过的区域旗帜；塞尔维亚则设计一面与塞黑国旗相同颜色的新旗帜（调整三色条的顺序），并增加塞尔维亚国徽。
塞尔维亚共和国国旗（1992－2004年）
黑山共和国国旗（1993－2004年）
