补库系焚化“库宝”（马祖话中的金纸元宝）献予村境神明，以充足神明的财库。此活动是在元宵节摆暝之后，另一个村庄中重大的民俗活动，地方文史工作者贺广义在1995年发表〈马祖的水醮─补库〉专文探讨，随即被马祖各重要地方文献所引用。
“补库”是福州话，音近“ㄅㄨㄛ ㄛˇ”(在此一词中，“库(ㄎㄛˇ)”因声母弱化而消失)。“补”是补充、补足的意思，“库”即是财库，也可以指“库宝”（金纸元宝），因对象是神明，故二字组合意为补充神明的财库。
马祖各村至少建有一座庙宇为村民之信仰中心，神明管辖村庄的范围称为“境”，信徒认为神明的社会如同人类社会，一样会有他村神明来本境作客、或凶神恶煞过境要周旋打发等需要支出钱财的时候，为了使神明能有钱财运用保护村民，而定期举行补库仪式，焚化元宝给神明使用。村中有二座或以上庙宇者，则视情形联合或各别举行。
马祖早期先民生活苦难，面对穷山恶水的不确定性，如遭遇瘟疫、灾祸、恶劣海象等厄事，则畏惧是邪怪作祟，遂祈求神明保佑合境平安，由此衍生出补库的全村性活动。
补库的时间通常选在春分到夏至，此时期大抵是气候多变之时，如在清明期间遇南风则多雾、潮湿；端午期间暑气重，恙虫、传染病盛行，在医药不发达的时代遂以为是邪怪作祟，系村民特别需要祈求神明庇佑之时。
日期由庙委请示神明，通常补库仪式在一天之内完成。
补库通常每年举办一次，亦有三年或多年一次不等，若遇特殊事件，则可能临时举行。补库日期经神明谕示，确定日期后由庙委或作头者挨家挨户统计补库户数及收取各户费用。庙方会要求村中补库前或当日全村戒杀素食。
补库原则上各家户准备以下供品：
由作头者分配各家户金纸，由各户将金纸折成元宝装箱（袋）后送至庙宇集中，此活动必须在补库仪式前完成。
当天各户准备一份供品送至庙宇，并以红纸书写“弟子某某某敬叩”。
供品有的准备盆子装包子、小包子、米、蛋等，或以“红斗”（盛米容器）盛米、装蛋、置红筷、插绿叶等。亦有家户直接以一袋包装米为供品。
补库也是水陆大法会，包括海祭和陆祭，除了焚化“库宝”给神明，同时也为饿鬼众生举行布施法会：
庙方会准备大小包子、面糊等食品和纸钱，由道士诵经后布施饿鬼，其用意在怜悯并安抚饿鬼众生，避免作乱。
布施饿鬼后上疏祭祷神明，祈求合境平安，再焚化神明的“库宝”。因补库的“库宝”数量众多，常需要村中人手帮忙。
完成补库仪式后，庙方会在庙埕、村庄的出入口、交界处安插令旗，表示此境已由本村神明派驻镇守，以阻绝邪祟进入。
参加补库的家户领回原先准备的供品或白米，庙方分送盖有神讳、庙印、合境平安的布符，供张贴门楣之上，表示神明镇宅平安。
补库当晚举行“食福”，有参加补库之家户派员参加聚餐，同时联络村民情感，餐后取回福品有大小包子、太平蛋等，有“保佑平安”之意。
