司马芝（早于171年—3世纪），字子华，河内温县（今河南温县）人。东汉末及三国时曹魏官员。为官执法严明，秉公行事。
司马芝是读书人，年少时因东汉末年时局混乱而与母亲到荆州避乱，在南方居住了十多年，一直躬耕守节。司马芝的族弟司马朗已有名声，但中尉杨俊认为司马芝的能力更胜司马朗。
建安十三年（208年），曹操攻下荆州，任命司马芝为菅县县长。当时北方才刚刚安定，吏民很多都不守法度。当时济南郡郡主簿刘节是当地大族，蓄养宾客，外为盗贼，内乱吏治。后来司马芝征召其宾客王同为兵，但在集合时刘节让王同躲起来，还命令督邮向菅县索求士兵，官县官属都无计可施，唯有要求以自己代王同从军；此时司马芝却向济南太守郝光上书告发刘节，郝光向来敬重司马芝，于是下令让刘节代王同从军，青州人因而说司马芝“以郡主簿为兵”。后司马芝迁任广平县令。当时征虏将军刘勋恃著自身是曹操的故交受宠而骄横，甚至还是司马芝旧郡将，于是宾客子弟都常在司马芝辖区中犯法；而刘勋与司马芝通讯亦不署名，却时常有所要求；司马芝不答应，反而依法处理：后来刘勋因图谋不轨而被诛杀，与他交往的都一同获罪，而司马芝非但没有获罪，反而因不与刘勋同流合污而为人称道。
司马芝及得迁任大理正，任内有人盗窃官布并放在厕所屋顶上，被官吏发现后怀疑是女工所做而将她收监，司马芝却上奏曹操，认为现在是拿着证物去寻求嫌犯承认，时常有人因受不住拷问而认罪，这就可能会造成误判，建议曹操对这些难寻真相的嫌犯一次宽恕，反更易获得人民的支持和顺从。曹操接纳。后历任甘陵、沛、阳平太守，都有治绩。
黄初年间任河南尹，在任抑制强者气焰而扶助弱少，即使是官员私下的要求都不允许。好像有宦官希望借与司马芝妻子的伯父董昭为其传话，但董昭都惧怕司马芝，不帮助他传话。司马芝又勉励下属要好好执法，执行法令并让君主知道臣属犯下的罪行和自己政令的不足，不要让政事败坏。
曹叡继位后赐关内侯。后来，位特进的曹洪的乳母当与临汾公主的仆人拜无涧神而下狱，卞太后因而派黄门吴达到河南府传命，要求释放当，因司马芝不听，下令洛阳狱官查问究竟，另上书表明自己遵守朝廷法令而不为任何人徇私的原则和决心，坚持要将犯罪者受应得的刑罚。明帝知道后都对他表示支持。司马芝任官十一年，多次指出律令的不足之处；而在各臣之间亦遵从正道行事。
太和五年（231年）冬，诸王到洛阳朝觐，司马芝与洛阳的人相交，后因而免职。
及后任大司农。当时典农各部的吏民都自谋生计亦求增加收入，司马芝于是上书要求魏明帝曹叡重视农业，增加国家谷物的储备，有利于增强国家实力和国家日后统一；同时压抑官吏们自谋生计的风气，让他们可以专心于农务。
司马芝后来在任内逝世，死时家无余财。自曹魏建立后，多任河南尹中以司马芝的表现最好。
