方法论的个人主义（Methodological individualism）又称个人主义方法论，是一种哲学的研究方法，将社会的发展看作是许多个人的聚集（整体上是个人主义的一种形式），以此解读和研究许多学科。在最极端的形式上，方法论的个人主义认为“整体”只不过是“许多个体加起来的总合”（原子论）。方法论的个人主义也被称为“化约主义”（reductionism）的一种形式，因为它的解释方式是将一个大的实体化约为许许多多的小实体。值得注意的是，方法论的个人主义并不一定代表政治上的个人主义，尽管许多使用方法论的个人主义的学者，如弗里德里克·哈耶克和卡尔·波普尔也都是政治个人主义的支持者。
方法论的个人主义反对将一个被控制的、实验性的群体作为研究模型，因为个人主义否认一个集体可以被当成是一个独立的决策者，主张群体只不过是许多个体的组合，因此应该以个体行为作为基础研究社会科学。这种方法论也常被用以攻击其他集体主义的研究方法，例如历史主义（historicism）、结构功能主义（Structural functionalism），也反对以社会阶级、性别角色、甚至是族群作为研究实体。甚至是研究商业广告对于个人喜好的影响也被视为是与方法论的个人主义相背的。
汤玛斯·卡莱的著作便反映出了早期的方法论个人主义，他将人类历史视为是许许多多的英雄的事迹的聚集。威廉·詹姆士则试着将卡莱的方法论个人主义中的精英主义成分淡化，他写道“社会一代接一代的改变”并不只是因为“格兰特和俾斯麦的改变，也是因为小爆发户和铁匠的改变。”当时格兰特和俾斯麦分别是美国和普鲁士的国家领导人，但詹姆士则将他们的地位看作和默默无名的小爆发户及铁匠相等，正视了他们在社会发展上所扮演的角色和影响。
方法论的个人主义是现代新古典主义经济学的基本架构之一，以“理性的”、追求最高效益的个人作为研究实体分析集体的行为。这也被称为经济人的假设。依据这个观点，大多数经济制度的架构和活动都能够以此加以解释。方法论个人主义在经济学上的例子之一，便是奥地利经济学派对于经济历史学派在迷信数据分析上的批评。
在社会学上，Jon Elster（以及其他许多人）依照方法论的个人主义：“社会生活的基本单位是个体的人类行为”，他主张道：“要解释社会传统和社会的变革，便是要证明它们如何从个人的行为和互动的结果里所浮现。这个观点通常被称为方法论的个人主义，在我看来这是再真实不过了。”(Elster, 1989, 13)
严格来说，“方法论的个人主义”与“政治的个人主义”并不相同，至少这便是马克斯·韦伯所抱持的立场。韦伯主张若20世纪的开端会出现正常运作的社会主义政权，那其必定也是以方法论的个人主义作为社会学依据的。不过，将方法论与政治的个人主义合并也相当常见（例如自由放任的自由主义），无论反对或支持政治个人主义的双方都经常将两者混合。对于支持方来说，方法论个人主义的定律其实只是一个常识罢了
