食蚜蝇科（Syrphidae）为昆虫纲双翅目下的一科。本科目前已知有6000余种，不同文献之间对各物种的内部生物分类学可能略有不同。这些差异一方面可能因为分类的重新组织仍在进行中，另一方面分类学方面的研究（特别是对本科物种的幼体的研究）每天都有新进展，而这些都可能会影响到物种的分类。以上各种差异都尽可能在本条目中提及。
本科物种的栖息地广泛分布于陆地、海洋及咸淡水交界。基本上，下列分类都以过往基于其成虫的形态学特征为主，大致上遵从Thompson & Rotheray (1998)的《古北界双翅目分类》，即把食蚜蝇科物种分成三个亚科及14个族，即：
另外根据2015的最新研究，原为食蚜蝇亚科之下一个族的Pipizinae现在独立出来成为本科的第四个亚科。
这里给出的命名法部分源于世界双翅目生物系统数据库（BDWD），以及由一组分子生物学家创建的工作分类 ，无疑将在未来发生很大变化。
传统生物地理分布区中属的分布来源于系统分类学（BDWD）。
管蚜蝇亚科（Eristalinae，亦作Milesiinae）可分为下列九个族，17个亚族：
(=Chrysogasterini Shannon, 1922)
Brachyopa（英语：Brachyopa）
Myolepta（英语：Myolepta）
Chrysogaster（英语：Chrysogaster）
Lejogaster（英语：Lejogaster）
Melanogaster (fly)（英语：Melanogaster (fly)）
Orthonevra（英语：Orthonevra）
Riponnensia（英语：Riponnensia）
Neoascia（英语：Neoascia）
Sphegina
(=Calliceratinae Brues & Melander, 1932)
(=Ceriini, Cerioidinae Wahlgren, 1909)
突角蚜蝇属
管蚜蝇族（Eristalini（英语：Eristalini） Rondani, 1845）包括下列两个亚族：
管蚜蝇亚族（Eristalina（英语：Eristalina） Rondani, 1845）包括下列16个属：
斑眼蚜蝇属
管蚜蝇属
Palpada（英语：Palpada）
Phytomia（英语：Phytomia）
Senaspis（英语：Senaspis）
Anasimyia（英语：Anasimyia）
条胸蚜蝇属
毛管蚜蝇属
Myathropa（英语：Myathropa）
Parhelophilus（英语：Parhelophilus）
- sometimes regarded as a subtribe of the Eristalini（英语：Eristalini）
Arctophila (fly)（英语：Arctophila (fly)）
Sericomyia
(=Merodontini, Medorontinae Edwards, 1915, Medorontinae Bezzi, 1915, Medorontidae Glumac & Vujic, 1990, Nausigasterinae Shannon, 1921)
Eumerus
Merodon（瑞典语：Merodon）
Platynochaetus
迷蚜蝇族（英语：Milesiini）（（英语：Milesiini）；=Xylotini）包括下列六个亚族：
布莱拉
Criorhina（英语：Criorhina）
迷蚜蝇亚族（英语：Milesiina）（（英语：Milesiina））包括下列五个属：
Milesia (fly)（英语：Milesia (fly)）
斑胸蚜蝇属
Temnostoma（英语：Temnostoma）
Syritta（英语：Syritta）
Tropidia (fly)（英语：Tropidia (fly)）
桐木蚜蝇属
Pocota（英语：Pocota）
木蚜蝇属
(=Cheilosiini Cockerell, 1917)
Cheilosia illustrata（英语：Cheilosia illustrata）
Cheilosia pagana（英语：Cheilosia pagana）
费迪南德岛
Portevinia（英语：Portevinia）
Rhingia
缺伪蚜蝇属
Ornidia（英语：Ornidia）
蜂蚜蝇属
巢穴蚜蝇亚科（英语：Microdontinae）（Microdontinae（英语：Microdontinae））各属的分类依从Reemer & Ståhls (2013)，即：
巢穴蚜蝇族（Microdontini）以下各属：
巢穴蚜蝇属
在旧有的分类中，Pipizinae原为管蚜蝇亚科之下的一个族，但Mengual (2015)的支序分析认为这个族与食蚜蝇亚科其他物种的分野相当大，所以被分出来成为独立一个亚科。这个亚科包括下列各个属：
| style="text-align: left; vertical-align: top; " |
Pipiza（英语：Pipiza）
Heringia（英语：Heringia）
Pipizella（英语：Pipizella）
食蚜蝇亚科（英语：Syrphinae）（Syrphinae（英语：Syrphinae））包括下列四个族：
巴蚜蝇族（英语：Bacchini）（Bacchini（英语：Bacchini），包括原有墨蚜蝇族（Melanostomini）的物种。现时包括下列各属：
Baccha (hoverfly)（英语：Baccha (hoverfly)）
墨蚜蝇属
Platycheirus（英语：Platycheirus）
Pyrophaena（英语：Pyrophaena）
宽扁蚜蝇属
小蚜蝇族（英语：Paragini）（Paragini）包括下列各属：
小食蚜蝇属
小食蚜蝇属
小食蚜蝇属
(=Chrysotoxini). In Mengual et al. (2008) this tribe was resolved into two groups.
长角蚜蝇属
Dasysyrphus
边食蚜蝇属
垂边食蚜蝇属
Eriozona（英语：Eriozona）
Eupeodes（瑞典语：Eupeodes）
Leucozona（英语：Leucozona）
美蓝蚜蝇属
Meligramma（英语：Meligramma）
鼓额食蚜蝇属
食蚜蝇属
Xanthogramma（英语：Xanthogramma）
Allograpta（英语：Allograpta）
狭口食蚜蝇属
前蚜蝇属
Meliscaeva
Ocyptamus（英语：Ocyptamus）
细腹食蚜蝇属
Toxomerus（英语：Toxomerus）
下列三个属的亚科所属仍未清楚。这些属都已有正式的分类描述，只是我们无法把它们分类到上述四个亚科之一。这三个属分别为：
引用错误：在<references>标签中name属性为“Mengual 2009”的参考文献没有在文中使用
