赛义德鲁霍拉·穆斯塔法维·穆萨维·霍梅尼（波斯语：سید روحاللّه مصطفوی موسوی خمینی，转写：Sayyid Rūhollāh Musavi Khomeinī 
发音 帮助·信息，1902年9月24日－1989年6月3日；或آیتالله روحالله خمینی, Āyatollāh Rūhollāh Khomeinī），伊朗什叶派宗教学者（大阿亚图拉），1979年伊朗革命的政治和精神领袖。该革命推翻了伊朗国王穆罕默德·礼萨·巴列维。在经过革命及全民公投后，霍梅尼成为了国家最高领袖，最高领袖是宪法所创造的一个职位，是国家政治和宗教上的最高职位。
霍梅尼是一名伊斯兰教什叶派十二伊玛目派的玛尔扎，但以他的政治角色最为闻名。他在著作和讲道内容里扩展了十二伊玛目派乌苏里派主张的“法基赫的监护”（教法学家的监护），即是伊斯兰教法学家的神权统治。
在国外的穆斯林世界里，他被描述为“西方大众文化对伊斯兰教的虚拟形象”。他在伊朗人质危机时支持挟持者，又颁布追杀英籍印度作家萨尔曼·鲁西迪的命令，因而闻名。霍梅尼被称为“广受支持、别具魅力的领袖”，什叶派学者视他为“伊斯兰复兴的战士”。
在伊朗国内及他的国际支持者之间，他被称为伊玛目霍梅尼，其他人则以（大）阿亚图拉霍梅尼指称。
霍梅尼的祖父赛义德·艾哈迈德·穆萨维·安迪在印度北方邦巴拉班基一座名为金图尔的村落出生。19世纪中，他离开了印度前往伊拉克纳杰夫朝圣，后来在1839年到伊朗霍梅恩定居。在一封写给阿亚图拉优素福·卡什米里的信里，霍梅尼确信他的祖父有克什米尔人血统。霍梅尼在霍梅恩出生，他在6岁时即开始学习伊斯兰教的圣书古兰经及基本的波斯语。翌年，他在当地的学校上课，学习宗教等传统学科。他的幼年时代都在远亲贾法尔和兄长莫尔塔礼·帕桑迪德的帮助下接受宗教教育。
第一次世界大战结束后，霍梅尼原本被安排到伊斯法罕一所伊斯兰神学院就读，但是他反而到阿拉克的另一所神学院就读，接受阿亚图拉阿卜杜勒-卡里姆·哈埃里·亚兹迪（Abdul-Karim Ha'eri Yazdi）的指导。为了方便学习，霍梅尼在1920年迁到阿拉克。翌年，哈埃里·亚兹迪转到圣城库姆的伊斯兰神学院执教，霍梅尼应邀跟随，并在库姆的达尔沙法学校居住。霍梅尼研习伊斯兰教法和法理学（费格赫），亦对诗词及哲学感兴趣，来到库姆后即寻求哲学及神秘学学者米儿咱阿里·阿克巴尔·亚兹迪的指导。亚兹迪在1924年去世，霍梅尼即继续在另外两名导师贾瓦德·阿加·马利基·大不里士及拉菲伊·可疾维尼的指导下学习哲学。不过，对霍梅尼影响力最大的老师是米儿咱穆罕默德·阿里·沙哈巴迪，还有历史上著名的苏菲主义学者，包括穆拉·萨德拉（Mulla Sadra）及伊本·阿拉比（Ibn Arabi）。
霍梅尼在登上政治舞台前在纳杰夫及库姆的神学院担任了数十年的讲师，教授政治哲学、伊斯兰历史及伦理，并且很早就成为了什叶派伊斯兰教的顶尖学者。霍梅尼的一些学生（如莫尔塔扎·穆塔哈里）其后也成为主要的伊斯兰哲学家及玛尔札。作为一名学者和教师，霍梅尼曾完成大量有关伊斯兰哲学、法律及伦理的著作，显示出他对哲学、诺斯底主义等主题的独特兴趣，因为这些都是神学院里常被反对、质疑的学问，而且通常也不传授。。
霍梅尼在神学院的教学时常集中在宗教对社会实务和政治问题的重要性，且在1940年代曾致力于反对世俗主义。他在1942年出版的第一部著作《揭秘》（Kashf al-Asrar）中逐点反驳反教权史学家艾哈迈德·卡斯拉维的一位门徒所写的《千年奥秘》（Asrar-e hazar salih）。此外，他曾专程由库姆来到德黑兰听1920年代伊朗议会中的主要反对派领袖阿亚图拉哈桑·穆代日斯的演讲。霍梅尼于1963年大阿亚图拉赛义德·侯赛因·布鲁杰迪逝世后成为玛尔扎。
多数伊朗人十分敬重什叶派的圣职者及阿訇，他们趋向虔诚、传统，讨厌沙阿实行的西方化。在19世纪末，圣职者发起烟草抗议，反对将烟草特许权赋予外国，他们展示了强大的政治力量。
1961年，阿亚图拉赛义德·侯赛因·布鲁杰迪逝世，阿亚图拉阿布-卡西姆·卡沙尼也在翌年逝世，霍梅尼遂以61岁之龄取得领导地位。自1920年代起，支持现代化、反教权的礼萨汗当权，宗教阶级一直处于守势，礼萨汗的儿子穆罕默德·礼萨·巴列维发动白色革命，进一步威胁宗教阶级。
1963年1月，沙阿宣布落实“白色革命”，改革内容包括土地改革、森林国有化、国有企业收益转归私人所有、给予妇女选举权、容许非穆斯林担任官职、产业利润分摊、国内学校开展扫盲运动。保守派视这些措施是危险及西方化的举措，特别是那些影响力大、具有特权的什叶派阿訇（宗教学者）。
霍梅尼召集库姆的一些资深玛尔札举行会议，说服他们颁布法令杯葛白色革命的公投。在1963年1月22日，霍梅尼以强硬措词抨击沙阿及他的改革计划。沙阿在两天后带同装甲部队抵达库姆，发表批评阿訇的讲话。
霍梅尼继续谴责沙阿的改革方案，发表一份带有八名资深伊朗什叶派宗教学者的联署声明，他在声明里列举沙阿以不同的方式违反宪法，又责难他在全国破坏道德，指控他向美国和以色列屈首。他又颁令取消伊斯兰历1342年（1963年3月21日）纳吾肉孜节的庆祝活动，以示抗议政府的改革方案。
在1963年的阿舒拉节（6月3日），霍梅尼在费齐耶神学院发表讲话，将沙阿和声名狼藉的暴君耶齐德一世划上等号，认为沙阿是“卑鄙可耻的人”，并警告如果沙阿再不改变他的行事方式，终有一天国民会为他的离开而高兴。
在公开斥责沙阿穆罕默德·礼萨·巴列维两天后的1963年6月5日（波斯历3月15日），霍梅尼被拘捕，随即引起伊朗全国各地发生三天的暴动，导致许多示威者死伤。该事件被称为波斯历3月15日运动，霍梅尼在8月获释，但仍被软禁在家。
为了回应沙阿将外交豁免权给予身在伊朗的美国军事人员，霍梅尼在1964年11月公开抨击沙阿及美国。该被称为“投降协定”的法律容许在伊朗的美国军事人员在他们自己的军事法庭受审。霍梅尼于是被捕，并被拘留了半年。霍梅尼将近获释的时候获总理哈桑-阿里·曼苏尔（Hasan Ali Mansur）召见，曼苏尔试图说服霍梅尼道歉及放弃对政府的敌对立场，霍梅尼拒绝了曼苏尔，盛怒之下的曼苏尔掌掴了霍梅尼。在两周后，曼苏尔在前往议会途中遭行刺身亡，多名伊斯兰游击队（Fadayan-e Islam）成员被指与事件有关而被处死。
霍梅尼研习希腊哲学，故同时受亚里士多德和柏拉图的影响，霍梅尼视亚里士多德为逻辑的创始人，又认为柏拉图对神学的看法是“庄重可靠”的。在众多伊斯兰哲学家当中，霍梅尼主要受阿维森纳和穆拉·萨德拉影响。
除了哲学，霍梅尼亦醉心于文学和诗词，他的诗词集在他去世后发布。霍梅尼在青年时期开始著作神秘、政治及社会诗词，他的诗词作品被收录在《密友》、《爱情酒瓶和转捩点》及《底万》三部合集里。他的一些诗词作品被看作批判圣职者及宗教，如其中一首诗词题献给两伊战争的一名司令，他的儿子在后来发布了该作以纪念他。霍梅尼挑起了波斯神秘主义者曼苏尔·哈拉智（Manṣūr al-Ḥallāj）的作品《我就是真理》以及酒在苏菲术语里的争议。
霍梅尼在获释后未有改变态度，他在1964年11月4日早上再次被捕，当天下午随即被军用运输机流放至土耳其。霍梅尼在外流亡了14年，当中大部分时间都处身在伊拉克圣城纳杰夫。他在布尔萨停留了不足一年，由于他未能在当地另觅住处，他只好在土耳其军方一名叫阿里·切蒂纳的情报人员家中作客。1965年10月，他获准迁往伊拉克纳杰夫。到1978年，时任伊拉克副总统的萨达姆·侯赛因向霍梅尼表示他应该要离开（伊朗与伊拉克两国在这两人得势的一年后随即爆发了长达八年的战争），霍梅尼被迫离开。此后，霍梅尼在没有寻求政治庇护的情况下签证前往法国巴黎市郊的耨夫勒-勒沙豆（Neauphle-le-Château），他在那里停留了四个月。据外部文档和反间谍机构（今对外安全总局）的长官亚历山大·德·马朗什（Alexandre de Marenches）所说，法国总统瓦勒里·季斯卡·德斯坦派遣米歇尔·波尼亚托夫斯基（Michel Poniatowski）到德黑兰与沙阿商讨霍梅尼在法国的去留问题，沙阿婉言拒绝了法国将霍梅尼驱逐出境的建议，唯恐他会迁至叙利亚或黎巴嫩。
霍梅尼在1940年代接纳1906年伊朗宪法规定的有限君主制，这可见着霍梅尼所著的《揭秘》里，但是他在1970年代抛弃了这个想法。
在1970年代初，霍梅尼在纳杰夫有一系列关于伊斯兰政府的演讲，其后出版了名为《伊斯兰政府》或《伊斯兰政府：法学家的权力》（Hokumat-e Islami : Velayat-e faqih）的书籍。
《伊斯兰政府》是霍梅尼笔下最著名及最具影响力的作品，勾勒出他在当时的管治理念：
在霍梅尼及其支持者掌权后，他们采用法基赫的监护的改良版本，霍梅尼成为伊斯兰共和国的第一位“监护人”或“最高领袖”。
与此同时，霍梅尼尽量避免将他的宗教统治理念向反沙阿的非伊斯兰网络宣扬。
在伊朗，沙阿的一些行动诸如压制反对派开始招致对政权的强烈对抗。
霍梅尼演讲的磁带复本严厉地贬斥沙阿为“犹太人的代理人、头部被石头砸碎的美国大蛇”，这些磁带复本在伊朗的市场里大行其道，使沙阿的权势和尊严逐渐褪色。纵使伊斯兰改革派及沙阿的世俗主义敌人与霍梅尼的意识形态大相径庭，他还是意识到扩大根基的重要性，于是开始接触他们。
阿里·沙里阿提（伊斯兰改革派、作家及哲学家，他大力地向年轻、受过良好教育的伊朗人宣扬伊斯兰复兴）在1977年逝世后，霍梅尼成为了反对派里影响力最大的人物。在1970年代，伊朗人之间流传着出自伊玛目穆萨·卡齐姆的格言，使霍梅尼添上神秘色彩。穆萨·卡齐姆在799年临终前预言“一位来自库姆的男子会带领人民走向合适的道路”。1978年末，有谣传指霍梅尼的模样出现在满月上，包括知识分子在内的大量民众声称曾经目睹，许多伊朗人都视霍梅尼为反对派的精神领袖，他的形象和重要性随着示威活动的滋长而壮大。虽然巴黎与德黑兰千里迢迢，霍梅尼依然在背后为革命设立进程，他呼吁伊朗人不要妥协，指示他们要停工来对抗巴列维政权。他在流放生涯的最后数个月里，源源不绝的记者、支持者及贵族都来拜访霍梅尼，以一睹这位革命精神领袖。
在沙阿离国之前，霍梅尼拒绝回国。伊朗国内猛烈的抗争和暴乱使沙阿政权无法控制局面，沙阿在1979年1月17日离开了伊朗（表面上“休假”），再也没有回来。在两周后的1979年2月1日，霍梅尼以胜利姿态返国，霍梅尼至少受到最少2－3百万人的欢迎。
在前往伊朗的法国航空班机上，美国广播公司新闻驻德黑兰记者彼得·詹宁斯访问霍梅尼：“你对于返国的感觉如何？”霍梅尼回应道：“没有。”这种说法反映出他对伊斯兰地区神秘和清教徒的信念高于其对故土，同时也对那些期待他是“民族主义领袖”的伊朗人发出警示，令他们感到失望。
霍梅尼坚决反对沙普尔·巴赫蒂亚尔（Shapour Bakhtiar）领导的临时政府，并承诺：“我们会让他们遭受重大挫折，然后由我任命政府，我会任命一个受民族拥戴的政府。”在2月11日，霍梅尼委任迈赫迪·巴扎尔甘（Mehdi Bazargan）为临时政府总理，并强烈要求：“我委任了他，你们必须要效忠他。”他又警告“这是真主的政府”，违抗这个政府就是“违抗真主”。
随着霍梅尼的势头渐强，军人也开始投向霍梅尼阵营，霍梅尼宣布向不投降的军人发动圣战。1979年2月11日，暴动进一步扩散，兵工厂亦告失陷，军方的立场保持中立，巴赫蒂亚尔终于倒台。同年3月30日及31日，以伊斯兰共和国取代君主政体的公投得到98%的支持而获得通过。
革命派得势并奉霍梅尼为领袖，但一些世俗和宗教团体并不知道霍梅尼以“法基赫的监护”建立伊斯兰政府的计划，“法基赫的监护”即是以伊斯兰教法学家玛尔扎统治国家。伊斯兰共和国的临时宪法没有包括至高无上的伊斯兰宗教统治者这个职位。
霍梅尼及其支持者在夺得权力后开始压制昔日的盟友，又重新草拟宪法。一些报社被关闭，而抗议报社被关闭的那些人受到非难。民族解放阵线、穆斯林人民共和党等团体受到打击，最后被取缔。纵使投票表决受到质疑，霍梅尼的支持者仍受到民众的广泛支持而进入了专家会议，取得了压倒性多数的席位，得以修改宪法。新宪法设立了由伊斯兰教法学家担任的国家最高领袖及宪法监督委员会，宪法监督委员会有权否决不合符伊斯兰教的律例、筛选政府官员及罢免不合伊斯兰教义的官员。
1979年11月，全民公投通过采纳伊斯兰共和国宪法，霍梅尼就职为最高领袖，又称为“革命领袖”。阿伯尔哈桑·巴尼萨德尔在1980年2月被推选为伊朗第一任总统。
1979年10月2日，美国接收流亡在外的沙阿，让他在美国接受医治癌症的治疗。霍梅尼及国内左翼团体随即强烈抗议，坚决要求要将沙阿遣返回国受审及处死。事件令革命分子想起26年前的阿贾克斯行动，当时美国的中央情报局及英国情报机关在伊朗沙阿流亡在外的时候联手策划政变推翻伊朗的民族主义政府。
同年11月4日，一群自称为伊玛目的门徒的伊斯兰主义者学生占领了德黑兰的美国大使馆，胁持了52名使馆人员长达444日，事件被称为伊朗人质危机。马哈茂德·艾哈迈迪内贾德在2005年成为总统，一些当年的人质认出他是其中一名胁持者，但艾哈迈迪内贾德否认他是其中一分子。人质危机在美国被视为是对国际法明目张胆的侵犯，激起了强烈愤慨及反伊情绪。不过，占领大使馆却在伊朗受到广泛支持，霍梅尼以“美国不能以该死的行为对付我们”为口号争取支持。人质危机促使了神权政府，又出其不意地占先了那些强调与他国建立稳定、正常关系的政客。据说霍梅尼曾经向总统表示：“人质危机带来了许多好处……它团结了我们的人民，让敌对势力不敢轻举妄动，我们可以轻而易举地通过宪法，并实现总统及议会选举。”人质危机发生的一个月后，新的神权宪法成功获得通过。事件亦使反对派分为两个阵营－支持胁持者的激进派和反对胁持事件的温和派。在1980年2月23日，霍梅尼宣布伊朗议会将会决定美国使馆人质的命运，要求美国遣返沙阿到伊朗，为危害国家的罪名受审。沙阿在数个月后逝世，但人质危机在夏季没有缓和的迹象。霍梅尼的支持者称美国驻伊朗大使馆（英语：Embassy of the United States, Tehran）为“间谍活动的老巢”，宣称他们在使馆内找到军械、谍报设备及许多官方和机密文件。
霍梅尼崇尚穆斯林统一和团结，拟将伊斯兰革命的精神传扬到全世界，“在世界各地建立伊斯兰国家是革命的伟大目标”。他宣布穆罕默德出生的该周为“团结周”（赖比尔·敖外鲁月12日－17日），又在1981年将赖买丹月最后一个周五定为圣城日。
霍梅尼取得权力后随即号召穆斯林世界发起伊斯兰革命，包括其阿拉伯睦邻、唯一一个除了伊朗以外以什叶派为主导的伊拉克。同时，伊拉克的非宗教民族主义政党复兴党的领袖萨达姆·侯赛因渴求可以利用伊朗脆弱的军事力量（他假定）及革命乱局侵占石油蕴藏量丰富的胡齐斯坦省，以及挫败伊朗伊斯兰革命分子鼓动伊拉克什叶派教徒。
1980年9月，伊拉克全面入侵伊朗，开始了长达八年的两伊战争（1980年9月－1988年8月）。伊朗人猛烈的抵抗及伊拉克的军事机能不全很快就使伊拉克的侵略步伐缓了下来，到1982年初，伊朗已收复被伊拉克占领的失地。面对外敌入侵，伊朗人与新政权团结在一起，提高了霍梅尼的威望，巩固及稳定了他的领导。在两伊战争的形势逆转后，霍梅尼拒绝了伊拉克所提出的停战，要求伊拉克要就此赔偿，并要萨达姆·侯赛因政权下台。
虽然伊朗的人口三倍于伊拉克，经济规模亦远比伊拉克庞大，但伊拉克却得到邻近波斯湾国家、苏联及西方国家的支援。海湾国家及西方要防止伊斯兰革命在波斯湾扩散开去，苏联则要确保他们在中亚北部的统治地位。
战争进而延续了六年，损失逐渐扩大。伊拉克向德黑兰发动长达一个月的导弹袭击，德黑兰的经济受到严重破坏，伊朗的船只及运油轮受到美国海军袭击，加上伊拉克重夺法奥半岛，伊朗军队士气低落。同年7月，伊朗接受联合国调停，霍梅尼形容这是“喝了一杯毒药”，伊朗在战争当中的死伤人数高达450,000－950,000人，经济损失高达3000亿美元，但霍梅尼坚称将战事扩大试图推翻萨达姆·侯赛因并不是一个错误。在“给圣职者的信件”里提到“我们不会后悔，也不会为我们在战争里的表现感到遗憾，我们怎能忘记我们如何为宗教使命奋斗？”。
印度裔英国作家萨尔曼·鲁西迪被认为在其1988年出版的小说《撒旦诗篇》里亵渎穆罕默德，霍梅尼在1989年初颁布对他的追杀令。他所颁布的宗教判决（法特瓦）准许由穆斯林执行。《撒旦诗篇》里的一些段落让许多穆斯林（包括霍梅尼）认为是对伊斯兰教及先知的冒犯，然而有人认为法特瓦违反了法基赫的原则，没有允许被告有自辩的机会，“即使是最严厉和最极端的法学家也只会在亲耳听闻那个人亵渎先知才会下令穆斯林杀死他”。
纵使鲁西迪公开作出道歉，霍梅尼并没有撤回对他的追杀令，他说道：
萨尔曼·鲁西迪没有被杀，但是《撒旦诗篇》的日语译者却遭到杀害，也有人企图谋杀另外两名该作的译者。
霍梅尼在1979年2月1日结束流亡返回伊朗，向人群发表讲话，他为即将来临的伊斯兰政权向人们作出数项承诺，包括一个代表伊朗人民的民选政府，教士将不会对政府作出干预，又承诺“没有人会在这个国家无家可归”，称伊朗人将会享有免费的电话、供暖、电力及巴士服务，以及送上家门的石油。
霍梅尼采用沙里亚法规（伊斯兰法律），伊斯兰革命卫队及其他的伊斯兰团体强制对男女实施着装规定，妇女必须遮掩头发，男子不准穿着短裤。酒精饮料、大部分的西方电影、男女共游及晒太阳都被严禁。各阶层的教育课程经伊朗文化革命而变得伊斯兰化，课程由“伊斯兰大学委员会”设计。霍梅尼在1979年7月禁止伊朗的电台及电视台播放军事和宗教以外的音乐，禁令维持了10年（直至霍梅尼去世）。
霍梅尼被认为重视“宗教高于物质”，他在首次演说的六个月后对于伊朗人抱怨生活水平下降表示了恼怒：“我实在无法相信这些祭拜的目的只是为了让瓜果的价格变得更便宜。”他在另一个场合强调了殉道比起物质富饶更加重要：“有人会牺牲他们的孩子来换取豪华的大屋吗？这甚至不是一个议题。”他亦再三回应了他的经济政策，认为“经济是笨蛋的东西”，有人认为他对经济的轻视“可以解释革命过后伊朗经济不成熟的发展”。另一个因素是与伊拉克的长期战争，导致了政府负债及通胀，侵蚀了个人收入，并导致了史无前例的高失业率。
在霍梅尼的伊斯兰式严格管治下，伊朗的绝对贫困人口在其统治时期的首六年内增加了45%，伊朗人移居国外的情况也加剧，据说那是伊朗历史上的首次。革命以后，估计“二至四百万企业家、专业人员、技术人员及熟练的工匠（及他们的资本）”都转移到国外。
教士宗教统治及伊斯兰政府的反对派面临严峻的制裁。在1979年8月30日，霍梅尼在库姆的费齐耶神学院警告反对派：“那些以民主为名尝试对我们的国家带来腐败和破坏的人将会受到压制。他们比起巴努古莱扎犹太人（先知穆罕默德的敌人）更坏，必须对他们处以绞刑，我们会遵照真主的命令压制他们。”
沙阿穆罕默德-礼萨·巴列维逃到国外避难，但过百名前君主政体的成员及军事人员遭到射杀，有批评称他们受到“含糊秘密的指控，没有辩护律师及法官在场”，被告没有机会“自辩”。后来压制的目标转移到昔日霍梅尼的革命同盟身上，包括反对神权统治的马克思主义者和社会主义者，他们大多是大学学生。
在伊朗人民圣战组织发动“永恒之光”的军事行动袭击伊斯兰共和国后，1988年随即发生了处决伊朗政治犯的事件，霍梅尼下令法庭人员审讯每一个政治犯，处决那些对反政权活动没有悔意的犯人，遭到处决的人数估计达1,400至30,000人。
许多人认为革命会带来新闻和言论自由，然而带来的却是反对派报社的关闭，反对派的示威者受到持棍民团的攻击，霍梅尼解释道：“卖弄笔墨和舌头的党社就是最坏的‘棍棒’，其腐败程度百倍于其他党社。”
在霍梅尼的统治下，各种少数宗教的殊途各异。非伊斯兰的少数宗教不再享有同等的权利，高级政府官员职位只可由穆斯林担任。犹太人、基督徒及祅教信徒建立的学校必须由穆斯林校长管理。在法律上，非穆斯林家庭所获的死亡赔偿金少于穆斯林家庭。如兄弟姐妹保持非穆斯林信仰，皈依伊斯兰教的民众有权继承父母（甚至是叔伯）的遗产。伊朗非穆斯林人口急剧下降，犹太人口在革命后的首20年由80,000人下降至30,000人。
霍梅尼监督的伊斯兰宪法规定，伊朗伊斯兰会议的270席里，当中4席预留给三个非穆斯林少数宗教。霍梅尼又呼吁什叶派和逊尼派穆斯林要团结一致（逊尼派穆斯林是伊朗最大的少数教派）。
霍梅尼在革命前的发言对犹太人怀有敌意，但他在1979年回国后便颁布法令要善待犹太人及其他少数宗教（除了巴哈伊信仰）。霍梅尼认为那些采用犹太标记和思想的锡安主义只是非宗教政党，犹太教才是摩西的宗教。
与伊朗其他少数宗教不同，300,000名巴哈伊信仰者不断受到攻击，“约200人遭到处决，其余的巴哈伊信仰者被迫改变信仰或成为了伤残人士”。自1979年末，新政府有条不紊地针对巴哈伊信仰的社区，特别是巴哈伊全国灵宴会和地区灵宴会，全国灵宴会和地区灵宴会的重要成员被杀或失踪。霍梅尼与其他保守的穆斯林一样认为巴哈伊信仰者是叛教者，又称他们不是进行宗教活动，而是带有政治目的：
霍梅尼因胃癌而需要住院进行阻止内出血的手术，在11天后的1989年6月3日22时22分（当地时间）因心脏病发逝世，享年86岁。得讯的伊朗人“完全自发和真诚地倾泻出悲伤的情怀”，涌到城市和街道上哀悼霍梅尼。
约2,000,000人参加霍梅尼的丧礼。为了瞻仰霍梅尼的遗容，人群冲击殡仪队伍，几乎破坏了霍梅尼的木制棺材，当局被迫中止丧礼。霍梅尼的遗体几乎倒在地上，人群试图抓住他的寿衣。霍梅尼的第二次丧礼明显加强保安，他的棺材改为钢铁材质，由重装保安人员重重包围。根据伊斯兰传统，遗体在运送至墓地时才使用棺材。1995年，霍梅尼的儿子艾哈迈德·霍梅尼（Ahmad Khomeini） 的遗体也葬在霍梅尼墓旁。霍梅尼的墓碑如今位于一个大型的陵墓建筑群里。
霍梅尼指定他的学生和伊斯兰革命的重要人物大阿亚图拉侯赛因-阿里·蒙塔泽里继任最高领袖，并在1985年得到专家会议的认可。根据“法基赫的监护”和伊斯兰宪法，最高领袖必须是玛尔扎，而1981年十多名大阿亚图拉当中以蒙塔泽里成为最高领袖的呼声最高（可能是因为他完全认同霍梅尼提出的教法学家管治模式或只有他具备霍梅尼所需的“政治忠诚”）。1989年，蒙塔泽里开始为争取自由和政党自由发声。在伊斯兰政府处决了逾千名政治犯后，蒙塔泽里向霍梅尼表示“那些囚犯的境况还远差于沙阿和萨瓦克”。蒙塔泽里的申诉信件泄漏到欧洲和英国广播公司后，气愤的霍梅尼剥夺了他的继承者地位。
由于唯一合适的玛尔扎失去了继承的资格，霍梅尼召开“修宪会议”，移除了伊朗宪法里最高领袖必须是玛尔扎的规定。宗教法学家阿里·哈梅内伊虽然学识有所不足，而且也不是大阿亚图拉，但是其忠于革命的意识使他成为了继任人选。哈梅内伊在1989年6月3日被专家会议推选为最高领袖。蒙塔泽里则继续批评政府，他在1997年因质疑哈梅内伊的当权地位而被软禁。
至少有一位学者指出，伊朗伊斯兰共和国的政治“大部分是霍梅尼的遗物”，这“对所有政党来说是效忠霍梅尼意识形态的石蕊试纸”。纵观霍梅尼的诸多作品和演说可见他的管治概念逐渐形成。在起初，沙里亚法规及国王的法规都得到认可，后来霍梅尼坚决反对君主制，他认为只有伊斯兰教法学家的管治才可保证沙里亚法规得到适当的行使。到最后，他坚称伊斯兰教法学家不一定要是重要和成功的人物，如果是为了保障伊斯兰教及伊斯兰“神权政府”的利益，伊斯兰教法学家甚至可以推翻沙里亚法规。
不过，霍梅尼提出的法基赫的监护得不到伊朗当时处于领导地位的什叶派教士支持。直至1979年，虽然没有人支持霍梅尼建立神权伊斯兰共和国的想法，但许多教士也不再对沙阿的统治抱有幻想。
关于霍梅尼的理念是否与民主兼容及他所设计的伊斯兰共和国是否是一个民主共和国仍存有许多争论。据国营媒体《阿夫塔新闻》指出，反对伊斯兰政权的极端保守分子（穆罕默德-塔基·梅斯巴-亚兹迪）和改革派（阿克巴尔·甘吉、阿卜杜勒卡里姆·索鲁什）都持有否定的意见，而伊斯兰政权的官员和支持者如阿里·哈梅内伊、穆罕默德·哈塔米和莫尔塔扎·穆塔哈里（Morteza Motahhari）则相信霍梅尼的伊斯兰共和国是民主的。霍梅尼本人在不同的场合和时间也发表过支持和反对民主的意见。
学者沙乌尔·巴赫什（Shaul Bakhash）解释这种争论源自霍梅尼相信许多伊朗人在革命的反沙阿示威当中表达了支持伊斯兰共和国的公投决定。霍梅尼主张穆斯林必须支持以伊斯兰法律建立的政府，与代议政制政府相比，以沙里亚法规为基础而建立的政府往往在穆斯林国家受到较普及的支持。
霍梅尼把自己塑造成“伊斯兰复兴战士”，强调穆斯林认同的问题（对抗犹太复国主义和帝国主义），搁置那些会分化什叶派和逊尼派的矛盾。霍梅尼强烈反对伊朗与东方集团和西方集团建立亲密关系，认为伊斯兰世界应该自成一角或汇合成一个单一、团结的势力。他认为西方文化的本质堕落，腐化青年人，故伊斯兰共和国禁止西方流行文化、音乐、电影和文学。在西方世界里，“霍梅尼的阴森面容是西方大众文化对伊斯兰教的虚拟形象”，“反复灌输对伊斯兰教的恐惧和不信任”，“阿亚图拉”一字“在西方流行用语里更成为了引起危险的疯子的代名词”。特别是在美国，当地的伊朗人不时抱怨即使是在大学，他们也要隐藏伊朗人的身份以免受到袭击。霍梅尼和伊朗在伊朗人质危机事件里扬名国际，被指一手促成了人质劫持事件和恐怖袭击，因而继续经济制裁伊朗。
在野时的霍梅尼宣称支持世界人权宣言，“我们冀望遵从世界人权宣言，我们要自由和独立”。不过霍梅尼在当权后对异见者采取强硬态度，并警告神权政治的反对派：“我再说一次，不要再举行会议、胡说一通和示威抗议，否则我会打掉你们的牙齿。”
在革命发生前，左翼的知识分子和活跃份子都认为霍梅尼的政治和宗教理念是稳定和进步的。不过在霍梅尼当权以后，他的理念不时与现代主义者和非宗教的伊朗知识分子相冲。这种冲突在制宪期间白热化，许多报社都被政府关闭。霍梅尼愤怒地告诉知识分子：
与霍梅尼疏离知识分子及“远离其他伊斯兰运动”相比，他更乐意与第三世界国家打交道，把它的地位“置于其穆斯林兄弟之上”。自霍梅尼一派当权至霍梅尼逝世期间，伊朗的媒体“集中报导非穆斯林的革命运动（如桑地诺民族解放阵线、非洲人国民大会及爱尔兰共和军），贬低保守伊斯兰运动的角色，如阿富汗圣战者”。
霍梅尼对伊斯兰共和国经济的遗物大抵是“财产剥夺”（mustazafin），在1990年代，被剥夺财产的民众和伤残的退伍军人多次发起骚乱，抗议食品价格上涨和贫民窟的拆除。霍梅尼对经济的藐视被指为后来的伊朗总统艾哈迈迪内贾德的再分配政策借镜，据称他把“对经济正统的蔑视视为荣誉”，漠视迟滞的经济增长、攀升的通胀和高失业率。
1963年，阿亚图拉鲁霍拉·霍梅尼在著作当中声言对于变性人的变性手术没有任何宗教上的限制，当时霍梅尼仍是激进的反沙阿革命份子，他的法令对沙阿政府没有影响力，沙阿政府对变性也没有明确的政策。
1989年1月1日，霍梅尼写信给当时的苏联领导人戈尔巴乔夫，指出解决共产主义问题的方法并不在于资本主义：“如果您想在此关键时刻用投靠西方资本主义阵营的办法解决社会主义共产主义经济方面的棘手问题，不仅不能医治自己社会的病痛，而且需要他人来纠正您的错误；因为今天如果说马克思主义在经济和社会方法上已隐入僵局的话，那么西方世界在此问题上当然是以另外形式以及在其他问题上也已陷入灾难...因为其理论是唯物主义，用唯物主义不能把人类从不信仰理性的危机中解救出来，这是东西方人类社会最根本的病痛。”他又说：“理性的东西也在科学范畴之内，尽管感觉不到它...科学的实质就是超越物质的存在；任何思想都超越物质，不受物质法则左右。”
霍梅尼身形“苗条”而健壮，以守时见称：
霍梅尼又以超然和严刻的性格见称。据称他“以不同的方式让身边的人对他感到钦佩、敬畏和畏惧”，他在“通过伊斯兰学校大堂的时候面无表情，教学的时候漠视听众，促成了他的超凡魅力”。
霍梅尼严守伊斯兰的洁净习惯，认为尿液、粪便、血液、酒和非穆斯林等都是秽物，接触过这些秽物后必须洗礼和大净过后才能进行礼拜。有称除非他肯定餐厅的侍应是穆斯林，否则他不会在餐厅进食。
霍梅尼在1929年（有说1931年）迎娶德黑兰一位教士的16岁女儿卡娣雅·萨基菲（Khadijeh Saqafi）。所有文献都指他们的婚姻和睦美满，卡娣雅·萨基菲在2009年逝世。他们育有七名儿女，其中两名不幸夭折。他的女儿全部嫁予商人或教士的家人，两名儿子投入宗教事业里。长子穆斯塔法在与父亲流亡期间在伊拉克纳杰夫逝世，霍梅尼的支持者谣传他被萨瓦克（伊朗王国的特工）所杀。他的另一名儿子艾哈迈德·霍梅尼（Ahmad Khomeini）在1995年以49岁之龄逝世，谣传指他被伊斯兰政权杀害。霍梅尼的女儿当中或许以扎赫拉·穆斯塔法维（Zahra Mostafavi）最著名，她是德黑兰大学的教授，至今仍健在。
霍梅尼的15名孙儿女当中包括：
侯赛因·霍梅尼在同年到访美国，与伊朗最后一位沙阿的儿子礼萨·巴列维等人会晤，在得知祖母的紧急消息后返国。外交专家迈克尔·莱丁据“家族内部消息”指出他是被胁迫回国的。2006年，他呼吁美国入侵伊朗及推翻伊斯兰共和国，他向阿拉比亚电视台的观众说：“如果你是囚犯，你会怎么做？我想有人来打破牢门。”
霍梅尼是一位多产的作家（其中200部可在网上查阅），他为古兰经、伊斯兰法学、阐扬法理学（Usul al-fiqh）及圣训作出评注，又出版了多部心理学、诺斯底主义、诗歌、文学、政府和政治相关的书籍，包括《伊斯兰政府:法学家的统治》（Islamic Government: Governance of the Jurist）、《四十圣训》（Forty Hadith）、《礼拜准则》（Adab as Salat）、《大斗争》（Jihade Akbar）等。
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