第二次世界大战期间，佛朗哥把中立作为西班牙政府正式政策。这种中立政策有弹性，1940年6月法国沦陷后，“严格中立”被“非好战”所取代。佛朗哥写信给希特勒，提出在1940年6月19日参战。同年晚些时候，佛朗哥在昂代会见了希特勒，讨论西班牙可能加入轴心国。虽会议无济于事，但西班牙将以各种方式帮助轴心国（轴心国在西班牙内战期间曾支持他）。
尽管有意识形态上的同情，但佛朗哥仍在比利牛斯山脉派驻野战部队，以阻止轴心国占领伊比利亚半岛。西班牙的政策挫败了轴心国的提议，这些提议原本会鼓励佛朗哥占领英国控制的直布罗陀。西班牙不愿参加战争的大部分原因是西班牙对美国的依赖。西班牙仍从内战中恢复过来，佛朗哥知道他的武装部队将无法抵御英国进攻加那利群岛和西属摩洛哥。
1941年，佛朗哥批准志愿者到德国，但他们只与苏联作战，而不与西方盟国作战。这导致了蓝色师团的成立，该军团在1941年至1944年之间作为德国军队在东线的一部分进行了战斗。
随着战争形势开始转向盟军，西班牙的政策回到“严格中立”状态。1944年，美国对西班牙施加压力，要求其停止向德国出口钨并撤回蓝色师团，并实行石油禁运，迫使佛朗哥屈服。战争结束后，由于战时对轴心国的支持，西班牙被禁止加入新成立的联合国，直到1950年代中期，它被许多其他国家排斥。
