埃及航空990号班机（MS990/MSR990）是埃及航空的定期航班，来往开罗和洛杉矶，中途停纽约。在1999年10月31日，美国东岸时间凌晨1:50分，航班坠落在马萨诸塞州南塔克特岛以南60哩的大西洋海上，导致机上217人全部死亡。
执行MS990班机的是一架注册编号为SU-GAP的波音767-366ER客机，以埃及第十八王朝的一位法老图特摩斯三世命名。该机为波音公司制造的第282架767，于1989年9月26日交付埃及航空，使用普惠PW4060引擎。
990号班机座舱机组人员包括57岁的机长艾哈迈德·哈巴希，36岁的副机师阿德尔·安瓦尔，52岁的后备机长拉乌夫·努尔丁，59岁的后备副机长贾迈勒·巴图提，以及埃及航空767的首席机长哈特姆·鲁什迪。哈巴希机长在埃及航空工作逾35年，累计飞行约14,400小时，其中驾驶波音767的时间累计达到6,300小时以上。后备副机长巴图提驾驶波音767的时数亦接近5,200小时，总飞行时间约12,500小时。由于飞行时间为10小时，该班机需要两组机组人员，每组包括1名机长和1名副机长。埃及航空将一组机师称为“活动机组”，另一组为“巡航机组”或“后备机组”。一般地，活动机组执行起飞至其后4至5小时的任务，巡航机组随后接班，直至降落前1至2小时，这时活动机组会重新操纵飞机。埃及航空将活动机组的正机师称为总机长。
当时巡航机组计划在飞行数小时后接班，但后备副机长于起飞后20分钟进入驾驶舱，要求接班。总机长最初对此表示抗议，但后来接受了这一请求。
这班波音767-366ER客机（注册编号：SU-GAP）在肯尼迪国际机场起飞往开罗后30分钟，从雷达上消失，并与控制塔失去联络。飞机由原定的飞行高度急降至16,000呎，再爬升至24,000呎，最后就一直急降至坠落在大西洋海上，整个过程只有36秒。
航机载有14名机组人员（4名飞行员，当中2名是后备机长和机师，加上10名服务员），和203名乘客（来自7个国家，包括美国、加拿大、埃及、德国、苏丹、叙利亚和津巴布韦），其中一名是埃及军方的高层人士。有54名美国乘客为一个旅行团的成员，准备赴埃及旅行14天。203名乘客中，32人在洛杉矶登机，其余在纽约登机。有4名乘客是当时不执行任务的埃及航空机组人员。
飞行纪录显示飞机移动升降舵来令飞机维持急降，机长和机师的控制纪录显示，他们的操作完全符合升降舵的移动来试图挽救飞机。这个区域当时没有其他飞机，也没有证据显示飞机曾发生爆炸。飞机的引擎全程操作正常，直至他们把它关掉且左边引擎因压力过大而脱落为止。
美国国家运输安全委员会（NTSB）认为备勤机师贾迈勒·巴图提，在正机长离开驾驶室时控制飞机。他关掉了自动导航系统，并降低引擎动力，有意把飞机坠落在大西洋海上。他不停念著"Tawakalt ala Allah"（"I put my trust in God"，我把信念都交托给神），还有作出和正机师挽救客机完全相反的操作。
这个结果引来埃及政府的不满，后备机长亲属也表示无法认同，他们认为是飞机的机件问题而导致意外。在西方国家，埃及社群对这份报告十分不满，他们认为埃及人不喜欢自杀。但埃及政府的理据经过美国方面的论证，全部都和事实不符。例如，埃及方面指升降舵失去控制，但美国方面指当时升降舵是处于“分裂的状态”。在这种情况下，一边是升而另一边是降，这种情况在767上只有飞行人员的操作才会做到。
而这宗空难，则认为和“基地”组织没有关系。因为这次不同于911事件，机长是正常地离开驾驶舱，也没有对乘客有额外的警愓。而这次事件也没有证据证明有非驾驶员走入驾驶室来令飞机失事。不过，NTSB搜集到关于后备机长的一些私生活等相关资料，查访一些同事晤谈得到关于后备机长的信息，及后备机长念读句子的行为，则都被视为是后备机长控制飞机自杀的证据。
埃及方面提出767尾舵故障的问题事后有被FAA正视，并检查当时营运的767机队，但美方提出机师自杀的问题却没能防范，间接导致了日后如德国之翼航空9525号班机空难的发生。
埃及航空已取消洛杉矶至纽约的航段，只保持纽约到开罗的航段，航班改为MS986，并改用波音777执行此航段。
