本末制度（ほんまつせいど）是江户时代江户幕府为统制佛教教团而设置的制度。
1601年（庆长6年）以降，透过寺院诸法度，制定各宗派寺院的本山・末寺关系，统制各宗派。将无本寺的寺院置于特定的宗派之下，固定化寺院相互的本末关系。原则上是一宗派一本山，在大本山、中本山、小本寺或上寺等管理寺院之下，管理直末寺、孙末寺、曾孙末寺等寺院，编成金字塔形的制度。
1631年（寛永8年），禁止新寺的创建，翌年以降，各本山有提出“末寺帐”的义务。因此，各地方的古刹因幕府之命，在形式上编入特定的宗派。幕府透过各宗派设置在江户的“触头”，向宗派的末寺传达自身的意向。
