伏尼契手稿（Voynich manuscript），是一本内容不明的神秘书籍，共240页，附有插图，而作者不详。书中所用字母及语言至今无人能识别，与现代的语言完全没有关联，似乎是中古世纪炼金术士之参考书籍。书名伏尼契来自名为威尔弗雷德·伏尼契（英语：Wilfrid Michael Voynich）的波兰裔美国人书商，他于1912年在意大利买下此书。2005年，这部书入藏耶鲁大学的拜内克古籍善本图书馆，编号MS 408。至2019年，布里斯托大学语言学家柴歇尔博士（Dr Gerard Cheshire）宣称，他透过“横向思维和独创性结合”，于分析这份手稿2周后成功破译书中记载的“占星性爱技巧”、“草药”、“药浴”等“异教信仰”。
2011年透过放射性碳定年法检测出其书成于十五世纪初，估计在1404-1438年间，可信度达95%。这份手稿现世以来，专业和业余的译解密码员，如第二次世界大战期间英美顶尖解码专家，都积极研究过，但是未能破译出只字片语。一连串的失败令伏尼契手稿俨然成为密码术历史中的“圣杯”。不过，也有不少人认为手稿只不过是恶作剧——因为书中的符号排列全无意义可言。
伏尼契手稿用上等牛犊皮纸（Vellum（英语：Vellum））制成，全书大约240页，但伏尼契获得之前就已经散失了部分书页。书中的文字和素描图都是用鹅毛笔写成，图画上的彩色部分应该是后期才补上的。
手稿内的插图对于揭露书中内容未能有太大帮助，但是藉着插图却可以看出全书分为六个篇或章节，每篇的风格和主题各有不同。除了最后一篇全以文字写成之外，手稿内的每页最少都有一幅插图。每个章节的惯用名称详见如下：
由右边不对称的段落推断，文字是由左至右书写。段落没有明显的标点符号。从流畅的字型及排列整齐，似乎誊写员清楚明白自己在写什么，而不是落笔前故意逐字编造。
手稿含有17万个字迹，字迹之间有窄分隔，大部分由一至两笔写成。一套有20至30种不同字迹的字母系统几乎说明了整个手稿。关于某些字迹是否为个别字母存在一些争论。部分奇怪的字母仅出现一或两次。较阔的分隔可分辨出约3.5万个不同长度的“词汇”，大致符合语音学的规律，例如部分字母在每一个词汇经常出现（正如英语的韵母）等。
统计分析发现，文稿的文字规律与自然语言类似。例如，词汇的出现频率符合齐夫定律，而词汇的熵（每词约10位元）亦与英语或拉丁语相类似。
然而，手稿的语言与欧洲语言不太相似。例如，几乎没有词汇是多过10个字母，亦几乎没有1或2个字母的词汇。词汇内的字母分布独特，有些字母仅出现在字首，有些在字尾，有些在词汇中间，这特点与阿拉伯字母相似，但不见于拉丁字母、希腊字母或西里尔字母。词汇的重复程度也高于一般欧洲语言。同一词汇可能一句出现三次（相当于在英语出现）。统计学上，手稿的词汇数目相对较少。
有不少人被推测为伏尼契手稿的原作者，这里只列出一些知名的人物。
有人认为伏尼契手稿只是内容显得很怪异难解的骗局。但问题随之而来：如果没有预期的观众（即创作者的同时代人），作者为什么要用这样一种复杂而困难的方式愚弄人？
据说这份手稿可能曾被神圣罗马帝国皇帝鲁道夫二世买下，如果此事当真，显然作者是以精美的插图，运用卡登格（Cardan grille）填上文字来骗钱。此外，亦有人认为手稿作者为鲁道夫二世的私生子唐·朱利乌斯·凯撒·德·奥地利（英语：Don Julius Caesar d'Austria），不过没有足够的证据。
2014年3月，语言学教授Stephen Bax声称他成功破译部分手稿。他参考了中世纪各类手稿，并运用闪米特语系中的阿拉伯语来破译伏尼契手稿的神秘含义。他结合语言分析，破译了17个象征符号，揭示出了10个单词的意思，包括杜松（Juniper）、芫荽（Coriander）、嚏根草（Hellebore）、黑枯茗（Nigella Sativa）、棉花（Cotton）和藏红花（Saffron）等植物名词，以及喀戎（Chiron）（希腊神话中一个半人马的名字）。
教授说：“我不认为这本书来自外星球或是什么魔法师的杰作诸如此类的。我想它本质上就是一本关于大自然的书，不然怎么会画满了植物和各类星体。我用以阿拉伯文和其他语言文字记载的中世纪药草手稿来破解那些图形，它们中很多都指向植物类，而且会是你意想不到的种类。我觉得，这手稿源自亚洲。手稿上的语言是独一无二的，写法很淘气，像来自中土世界。”
另外有研究者相信书中303种植物中至少有37种生长于中美洲，也就是现在的墨西哥一带。手稿写于15至16世纪，很有可能使用的是纳瓦特族（墨西哥南部和中美洲印第安各族）的纳瓦特语。但反对者认为Stephen Bax更动了很多字母以符合他的学说，而且语法上也不符合拉丁缩写的规则。
2018年，来自加拿大阿尔伯塔大学的葛雷格．康达拉克(Greg Kondrak)和布莱德利．哈尔(Bradley Hauer)，利用人工智能演算发现有80%的文法符合希伯来文语法，并且成功翻译出第一行话为“她向牧师、家人、人民提出建议。”，但这语气不顺畅，伏尼契手稿中的文本太杂，重复的字符太多，不像流畅的作文，这意味着可能最终只能破解手稿上的名词，而无法完整翻译。
