王肇坤（？－1636年），字亦资，号耕玄，浙江兰溪县人。明朝末年政治人物。
天启七年（1627年）丁卯科举人，崇祯四年（1631年）辛未科进士。都察院观政，授刑部福建司主事，五年江南审决。七年行取，八年授江西道御史，巡视北城。本年出巡山海关、居庸关。崇祯九年（1636年）七月，清兵入喜峰口，肇坤激众出击，不敌，退保昌平。清军围城，王肇坤与守陵太监王希忠，总兵官巢丕昌，户部主事王一桂、赵悦，摄知州事保定通判王禹佐分门放守。因有降兵二千为内应，城破，肇坤身负四矢两刃而死。丕昌出降。一桂、悦、禹佐、希忠及判官胡惟忠、吏目郭永、学正解怀亮、训导常时光、守备咸贞吉皆遇难。《明史》有传。
