卫玄（541年—617年），字文升，河南洛阳人。
卫玄祖父卫悦，北魏司农卿，父卫摽，侍中、左武卫大将军。北周周武帝为鲁公时，召卫玄为记室。转任给事上士，嗣爵兴势公。进位宣纳下大夫。武帝亲政，卫玄任益州总管长史。升任开府仪同三司、太府中大夫，治内史事，兼京兆尹。周宣帝时，因违命免官。
580年，杨坚为丞相，卫玄以检校熊州事复官。和州蛮作乱，卫玄为行军总管镇压。581年，隋朝建立，卫玄升任淮州总管，封同轨郡公，因事连坐免官。不久，改任岚州刺史。监督劳役修建长城。检校朔州总管事。后任卫尉少卿。601年，巴蜀深山中的山獠作乱，卫尉少卿卫玄出任资州刺史，前去镇压。獠族当时包围大牢镇（今四川荣县），卫玄单骑闯入僚人大营，对僚人首领申明大义陈说利害，獠族渠帅感悦诚服，解围而走。以后，卫玄又招抚十余万僚人归顺朝廷，平定了这场叛乱。文帝杨坚大喜，褒赏卫玄，任命他为遂州总管，安抚剑南。
604年，隋炀帝即位，召还卫玄任卫尉卿。一年后，转任工部尚书。后以工部尚书任魏郡太守。不久，任右候卫大将军、检校左候卫事。612年，转任刑部尚书。远征高句丽，检校右御卫大将军，率军出增地道。隋军败北，卫玄的军队保全回师。受位金紫光禄大夫。
613年，炀帝第二次远征高句丽，派卫玄辅佐代王杨侑留守长安，任刑部尚书、京兆内史。下令代王杨侑以师傅之礼对待他。杨玄感逼近东都洛阳，卫玄率兵七万救援东都。到达华阴，挖掘杨玄感父杨素墓，烧毁杨素的骸骨。出潼关后，卫玄属下担心崤、函之地有伏兵，建议从陕县沿流东下，直抵河阳，攻打杨玄感背后。卫玄擂鼓前进。越函谷关，派武贲郎将张峻在南道疑敌，卫玄率大军直向城北。杨玄感迎击卫玄，卫玄屯军金谷。卫玄在军中扫地祭祀文帝，在灵前决死之誓。卫玄苦战，很多人死伤。宇文述、来护儿援兵到达，杨玄感向西逃走。卫玄派斛斯万善、庞玉为先锋追赶，在阌乡和宇文述合兵击败杨玄感。炀帝车驾到达高阳，炀帝召来卫玄，赐他良田宅邸，让他回长安。
615年，卫玄受命屯守关中。当时民变四起，百姓饥馑，隋朝官府坏乱，卫玄不能救恤。以年老为由请求告老还乡，隋炀帝派封伦劝阻了他。李渊太原起兵，进入关中，卫玄知道守不住，称病不处理政事。李渊进入长安，卫玄弃官回家。617年去世。享年七十七岁。《大唐新语》误作卫玄被李渊诛杀。
儿子卫孝则，官至通事舎人、兵部承务郎，早逝。
