蔡金树失踪事件，是指台湾学者蔡金树于2018年7月前往中华人民共和国福建省后即告失联的事件。蔡金树是继李明哲、李孟居后，2019年短期内第三位获中华人民共和国政府确认因涉嫌“从事危害国家安全的活动”遭扣查的台籍人士。
蔡金树（1959年－）为台湾嘉义东石人，国立中山大学政治研究所硕士、厦门大学台湾研究院区域经济学博士。蔡长年往返两岸，曾任高雄市两岸关系研究学会理事长，现为南台湾两岸关系协会联合会主席。蔡与两岸政商人士关系友好，并在平潭经营进出口贸易公司。
蔡金树于20世纪90年代开始从事两岸交流活动，人脉丰富。2013年，台湾军情局制内间谍郭佳瑛伪装成蔡学妹与其联系，并为其成立的组织“南台湾两岸关系协会联合会”提供场地、注入资金，声称“只进行两岸交流”。2016年蔡英文上台后两岸关系趋冷，到台访问的大陆学者寥寥无几，于是郭佳瑛与蔡金树合谋建立了名为“鹰传媒”的电子媒体向大陆学者约稿，而此时协会和传媒实则变成了两人搜集大陆情报的平台。由于丧失平台主导权与收受大量贿赂，蔡金树无法收手，不得不接受郭佳瑛布置的任务，明面上以“支持两岸统一”消除大陆涉台人员戒心，背地里向大陆学者、官员等套取内部信息，垂钓大陆学者使其参加平台论坛并向“鹰传媒”投稿，再由郭佳瑛将从投稿文章中得到的信息和各种情报整理汇总呈报给台湾军情局。蔡金树先后向郭佳瑛介报大陆涉台工作人员50多人，收取间谍情报机关发放的经费500多万元新台币。
蔡金树于2018年7月20日赴中国大陆福建省泉州市参加“两岸食品交易会”，他在与会期间曾入住厦门某饭店，惟翌日退房后即音讯杳无。其亲友于同年8月底向海基会陈情，海基会随即去函海协会协寻，并透过管道多方查询，唯未获具体回复。
2019年8月发生台湾屏东县枋寮乡乡政顾问李孟居入境中国后遭押与外界失联的事件。其后学者江岷钦在政论节目“少康战情室”中谈及李孟居因国安理由遭关押时，同时指出政治立场偏蓝友中的蔡金树自2018年也遭大陆当局羁押，又批评“两岸关系开倒车，不分蓝绿都人人自危”。
中国大陆国务院台湾事务办公室发言人马晓光在同月25日指，蔡金树因涉嫌“从事危害国家安全的活动”，已于2018年7月被有关部门依法审查。而有关部门已通知蔡金树的家属，并不存在失联的问题。11月13日，马晓光在新闻发布会上表示，蔡金树从事涉嫌危害国家安全的活动，被大陆有关部门依法审查，有关部门严格依法办案，已经通知了其家属，并根据法律规定保障他们各项合法权利。蔡金树的案件已经进入审判程序。
2020年7月，蔡金树因间谍罪被判处四年有期徒刑。
