维吾尔人，移民吉尔吉斯斯坦开始于19世纪后半。根据官方在2009年数据，维吾尔人占人口0.9%约48,543人。
维吾尔人移民吉尔吉斯斯坦可分为三次浪潮，第一次是19世纪后半的同治陕甘回变，一些来自喀什噶尔的维吾尔人和东干人在事后逃往费尔干纳谷地，人数约7000人。在20世纪初一些维吾尔人，东干人和汉人在吉尔吉斯的棉花田和煤矿工作。第二波在20世纪50-60年代，当时因大跃进造成的饥荒导致他们涌入吉尔吉斯斯坦，当中也有前东突厥斯坦第二共和国人士，第三波在吉尔吉斯斯坦独立后，维吾尔人作为贸易商前往当地，非官方估计有100000-200000人。一些维吾尔人被政府登记为乌兹别克族。
从事跨境贸易的维吾尔移民倾向于在比什凯克东郊区生活，他们的双语能力使他们成为中国汉族和当地人民之间的业务中介机构。然而他们的集贸市场已经成为众多攻击的目标。2000年，一场大火在游客集市爆发，有两个维吾尔人被枪杀。2005年，维吾尔族为主的马迪纳集市在一场选举与有关的骚乱中被纵火，维吾尔族商人那里遭受殴打和枪击。
维吾尔族也在当地经营餐厅。
不像在哈萨克斯坦的同族，吉尔吉斯斯坦的维吾尔人多欠缺正式教育。一些年长的维吾尔人从事教授维吾尔语，结果维吾尔语在年青一代衰落，他们多数只能说但无法看懂老维文。
吉尔吉斯大众媒体经常描述维吾尔人为恐怖份子和极端主义者，另一种常见的刻板印象是他们都是富有的商人。在2010年吉尔吉斯革命，在托克马克镇北部的反政府抗议活动升级为种族骚乱，维吾尔族和东干族商店和房屋遭到袭击，造成11人住院。
Marat, Erica (2009-08-13), "Uyghur Diaspora Faces Government Pressure in Kyrgyzstan", Jamestown Foundation Eurasia Daily Monitor 6 (156), retrieved 2010-04-13
