侯一元（1512年－1586年），字舜举，号二谷，浙江乐清人，明朝政治人物，嘉靖戊戌进士，官至江西布政使。
漳南佥事侯廷训之子。十一岁时，侯廷训任职南京，随父就学南京。嘉靖三年（1524年）侯廷训因卷入大礼议事件被逮捕下诏狱。年仅十三岁的侯一元伏阙上疏，其父得释。
嘉靖十七年（1538年），侯一元登戊戌科进士，授南京刑部主事。嘉靖二十年（1541年）升刑部郎中、广东布政使参议。随后改河南按察使司副使，整训大名府部队。随后升广西按察使、河南右布政使、江西左布政使。隆庆元年（1567年）辞职归乡。
著有《二谷山人集》、《二谷山人近稿》、《二谷读书记》、《翼志七书》、《乐清县志》、《平阳县志》、《泰顺县志》等。
曾祖侯仁；祖父侯敬，州判官 封礼部主事；父侯廷训，府同知前南京吏部主事。母陈氏（封安人）；继母林氏。
