程源(1613年12月3日—1661年),字企一,又字培元,号云阉,四川承宣布政使司江津(今重庆江津)五岔乡人,明朝末年至南明官员。崇祯十五年壬午科第五十七名举人,崇祯十六年癸未科诗一房会试第242名,殿试三甲241名,工部观政。十七年甲申授行人。
李自成军攻打潼关,他上疏朝廷防御十策,没有被采用。崇祯十七年(1644年),清军入关,攻克北京。次年,唐王朱聿键在福建称隆武帝,程源前往投奔,被任命为太常卿,奉使到广东。1646年,隆武政权灭亡后,程源在广东参与拥立桂王朱由榔称永历帝,被任命为兵部尚书兼东阁大学士。负责经营云南、贵州、四川、湖北,督战获胜有功。偏桥之役,叛将王祥俘获程源,他晓以大义劝说王祥归顺明朝。永历十五年(1661年),永历帝被吴三桂所杀。程源背发毒疽,含恨而终。