冯长根（1953年2月－），男，汉族，浙江绍兴人，中华人民共和国化学家。中国共产党党员。
1980年3月至1983年12月，在英国利兹大学物理化学系读博士研究生，获得博士学位。1996年5月至1999年8月，任中国科协副主席、北京理工大学力学工程系博士研究生导师。1999年8月之后，任中国科协副主席、北京理工大学副校长。2001年6月起，兼任中国科协书记处书记、党组成员。后来担任全国人大教科文卫委员会委员，欧美同学会常务副会长，中国兵工学会副理事长，国际继续工程教育协会副主席。2011年，继续当选为中国科协第八届全国委员会副主席。
他是第十届全国人大代表，第十一届全国人大常委会委员。2013年，再度被选为第十二届全国人民代表大会浙江地区代表。2013年3月，当选第十二届全国人大常委会委员。
