水谷琢元(生殁年不详)为日本江户时代围棋棋士,棋力六段,活跃于天明年代。为本因坊家外家水谷家首位家督,后其子水谷琢顺成为二世。
拜于九世本因坊察元门下,1777年升上三段,留下与业余棋士小松快禅黑三目胜的纪录。之后可以被察元让先而升为四段,且战胜小松快禅,使察元感到惊讶。1782年开始与安井家年轻家督仙知仙角对局,一开始仙知先一胜一败,之后琢元被让先相先一胜四败一和。1784年开始与服部因彻(日语:服部因淑)分先下了二十六局,十二胜十三败一和。
1786年五段,晚年升上六段。1797年收关山仙太夫(日语:関山仙太夫)为徒,隔年推荐其拜于本因坊烈元门下,成为后来有名的业余棋士。之后水谷家由琢元的儿子水谷琢顺继任,水谷家一路延续到明治时期的水谷四谷。