水谷琢元（生殁年不详）为日本江户时代围棋棋士，棋力六段，活跃于天明年代。为本因坊家外家水谷家首位家督，后其子水谷琢顺成为二世。
拜于九世本因坊察元门下，1777年升上三段，留下与业余棋士小松快禅黑三目胜的纪录。之后可以被察元让先而升为四段，且战胜小松快禅，使察元感到惊讶。1782年开始与安井家年轻家督仙知仙角对局，一开始仙知先一胜一败，之后琢元被让先相先一胜四败一和。1784年开始与服部因彻（日语：服部因淑）分先下了二十六局，十二胜十三败一和。
1786年五段，晚年升上六段。1797年收关山仙太夫（日语：関山仙太夫）为徒，隔年推荐其拜于本因坊烈元门下，成为后来有名的业余棋士。之后水谷家由琢元的儿子水谷琢顺继任，水谷家一路延续到明治时期的水谷四谷。
