曼努埃尔·博尼利亚·奇里诺斯 (西班牙语:Manuel Bonilla,1849年6月7日-1913年3月21日),是洪都拉斯军人、政治家,1881年至1882年担任约罗省省长,1895年至1899年担任洪都拉斯副总统,1903年至1907年、1912年至1913年两度出任洪都拉斯总统。
1902年,博尼利亚在当年的总统大选中获胜,但是在任总统特伦西奥·谢拉拒绝交接职位,博尼利亚便将谢拉推翻,并迫使谢拉流亡至尼加拉瓜。
他是洪都拉斯国民党的创始人之一。在博尼利亚执政期间,美国人塞缪尔·泽莫雷(英语:Samuel Zemurray)经营的库亚梅尔果品公司(英语:Cuyamel Fruit Company)等果品公司在洪都拉斯得到了相当多的特权。
洪都拉斯最大的剧院,曼努埃尔·博尼利亚国家大剧院(西班牙语:Teatro Nacional Manuel Bonilla)以他的名字命名。