中国的内河航运按水系分有珠江航运、长江航运、京杭大运河等。
史书第一次明载的内河航运事件是公元前647年（春秋时代）的泛舟之役，晋国饥荒向秦国秦穆公买谷，自秦都雍城至晋都绛城，运粮之舟楫不断。20世纪末，中国内河航运受铁路和公路竞争式微。至2012年，全国内河航运总里程还没有超过1978年的13.6万公里，是唯一负增长的交通运输方式。2010年，内河货运量和周转量仅占运输的5.8%和3.9%。2008年中国南方雪灾，铁路、公路、民航受阻，几十万旅客滞留，电煤告急，内河航运的作用被重新重视。
长江航道局资料显示，从单位运价来看，水运成本最低。以从重庆分别通过水路（长江）、铁路、公路运输集装箱到上海为例，三种运输方式的单位运价比约为1：2：6。在运输距离相同的情况下，三级或四级航道的通过能力为干线铁路的1~1.5倍、高速公路的4~6倍。长江干线单位占地产生的货物周转量是公路的167倍、铁路的13倍。公路、铁路、长江干线每千吨公里运输周转量能耗比是14：2：1。内河航运污染物单位排放量亦是公路的1/15、铁路的1/1.2。'
地方政府有“着重新建河道而轻视养护”的观念，养护经费不足导致失养；航道立法滞后，胡乱采砂、“超吃水”等行为时有发生，桥梁、拦河闸坝等建筑物造成部分河段碍航、断航；界河和沿海航道管理体制不适应发展要求等。文化大革命期间河边违建尤其严重。
古都洛阳、开封在古代通过南北大运河、鸿沟、贾鲁河等内河漕运，有“百舸争流天津卫，千帆竞航下江南”盛景。至1960年代，仍有27条河流通航。在公路、铁路竞争后式微。2010年代渐渐复兴，漯河港在2019年7月开港，沙颍河的漯河至周口段复航。
湖南的湘江是日本主导的亚洲开发银行在中国第一个内河航运工程项目。
黄浦江“去航运化”后，大治河成为浙江、安徽、江苏籍船舶的主要经停河道，承担粮食、副食品、南北货，以及工业用原料、轻工业品、砂石料运输。黄浦江水势平缓，深受潮汐影响，进潮最大流速可达每秒2米，退潮最大流速为每秒1.8米。有船长说赶在黄浦江涨潮时返航，省油且快，空船时速可达15公里/时。
2012年活跃在长三角地区内河航运的船舶多为个体所有，又称“夫妻船”，指一个家庭的生活与工作都在其运行的船上。内河航运业流传这样一句话：“国营做不过集体，集体做不过个体。”以上海为例，1996年闵行区最大的国有水运企业上海通顺实业总公司停止营业，卖船抵债。1997年松江县第一航运公司、第二航运公司进行改制，以优惠价将船只卖给船员。其后，上海内河航运企业相继歇业改制，内河货运逐渐为众多外省市船舶所承运。
上海市水深不足，有“靠水不能吃水”之弊。
连接杭州和宁波的杭甬运河卡在宁波，无法进海。宁波市1998年向浙江省争取杭甬运河改造。至2020年，宁波市发改委仍在推动杭甬运河宁波段三期建设及杭甬运河升级改造工程。
珠江有考语“上游不通，中游不畅，下游不深，体制不顺，投入不多”之称。珠江水运的2个重要节点在百色水利枢纽和龙滩水电站。其中自龙滩水电站建设以来，红水河已断航37年，上游云贵两省的矿产无法及时外运。
由于船闸通过能力不足、航道疏浚不及时等原因，造成珠江中游通航不畅，滞航令珠江三角洲向上转移到西江干流的产业蒙受经济损失。梧州长洲水利枢纽建成后，曾经出现6次长时间滞航，2007年12月初的滞航，有898艘货船滞留闸口。
