乌干达总统是乌干达的国家元首。这个职位设立初期，实权仍在总理手上。受到君主主义政党卡巴卡耶卡党的影响，布干达国王穆特萨二世成为了乌干达第一任总统。1966年，米尔顿·奥博特废止宪法，成为乌干达总理兼总统。从此以后，乌干达总统正式掌握实权。
2017年12月，乌干达议会通过修改宪法，取消总统参选人年龄上限为75岁的限制。
上一次总统选举于2016年2月举行。
在这段时间内，由于女王不在国内，故由总督代其行使职权，直至君主制被废除。
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