南科车站位于台南市新市区与善化区交界，为位于台南科学园区西拉雅大道跨越台铁高架桥下南侧之跨站式车站，为台湾铁路管理局纵贯线的铁路车站。车站出入口设于新市区，副站名为台南科学园区。
本站设计之初，即配合南科太阳能产业，以太阳能作为电力来源，是台铁首例。
本站为简易站，停靠车种仅为区间车，目前由善化站管理。本站为南部科学工业园区、国立南科国际实验高级中学等地门户。南科车站距园区机关、厂商有1至5公里不等里程，备有免费巡回公交车往来。
部分沙仑线列车运营区间曾为南科－台南－沙仑。运营区间也曾以此站为起／终点。2017年4月22日善化车站第二站台启用后原本以此站为起／终点的班次全数改至善化。
临时站时期因站台工程发标不及，因此县府要求厂商在施作永久站台前，需在台湾灯会期间以钢骨与钢板建造临时站台（无站房）。办理客运时，本站由善化站指派站员售票。北上旅客需购买至善化站；南下旅客需购买至新市站，主要停靠车种为区间车与普快车。
设有岸式站台两座，车站采用跨站式站房，并使用太阳能板受流。
车站设计之初，当时台南县长苏焕智为了配合南科太阳能产业之发展，希望建立台湾第一座建筑整合太阳能（英文：Building-integrated photovoltaics，缩写BIPV）的地标性火车站，所以设计时由建筑师吕丽纯设计出屋顶即以可透光的薄膜太阳能板为建材，这是台湾目前第一座也是惟一的太阳能BIPV火车站。
南科车站在台铁捷运化的新设站中，属于后续计划。但由于台南县政府及交通部观光局在南科特定区LM区阳光电城主办当地举办2008年台湾灯会、以及疏解南科联外运输，在台南县政府要求下提前设站，并由县府垫付工程款。然而由于时间急迫，于2008年先设灯会临时站，仅有钢构站台。灯会结束后，改建为正式站。
根据2018年资料，本站每日旅运量约为2,593，在台铁各站中排行第81名。
