吴南轩（1893年－1980年），原名冕，字南轩，以字行，男，江苏仪征人，中国心理学家，曾任国立清华大学校长，国立复旦大学校长。
吴南轩于1919年于复旦大学预科毕业，赴美留学于加利福尼亚大学，1923年获教育心理学硕士，1929年获教育学博士。1931年4月，出任国立清华大学校长。
就职数月后，因任用私人、不承认教授会选举院长管理等，引发师生“驱吴”风潮。5月29日携印离校，在北平使馆区利通饭店设立临时办事处，断绝学校资金。6月5日，被迫辞职。
1940年5月至1943年2月，任国立复旦大学校长，口碑尚好。
1942年，任国民党监察院监察委员、国民党监察委员。1949年，随国民政府撤退至台湾。1950年受聘美国麻省国际学院教授，又在伊利诺斯国际大学长期讲学。
1966年，任国立政治大学文学院院长，1975年退休。1980年逝世。
