澎湖动物群是1975年在澎湖水道的海底捞起被发现，这些动物的化石包括了古菱齿象、古虾夷鹿、日本古鹿、梅氏四不像、普氏野马、德氏水牛、长须山羊、野猪、老虎、斑鬣狗、海豚、长须鲸、长江鳄、龟鳖等比较北方型的温带草原动物，其中尤以体型较大的古菱齿象、水牛头骨和肢骨占绝大多数。古动物群的命名在生物地层学上以最接近的地名为原则，所以在水道所捞获的动物化石称之为“澎湖动物群”。
在年代鉴定上，澎湖动物群距今约4万年至1万年前，属于更新世晚期；此时正值冰河期，台湾海峡的海面下降了50米以上，因此台湾滩浮出了海面而成为一片温带的大草原。从淡水鳄鱼和龟鳖的发现可以证明，陆地哺乳动物都仅限于左岸，海洋哺乳动物不包括在动物群里面。除了哺乳动物化石之外，也发现少量的智人股骨及具有明显人工砍痕的四不像鹿角，暗示当时的左岸可能已有人类活动，对于中国旧石器时代晚期智人采食对象及方法，以及两岸史前人类迁移的模式具有重大的研究意义。
