行政院农业委员会渔业署(简称渔业署),缘于成立于1984年的“行政院农业委员会渔业处”。是台湾渔业事务的中央主管机关,下辖渔业广播电台。
预计配合农委会改制为农业部后,更名为“农业部渔业及保护署”,并将署本部由高雄迁至台北,并另设南区分署。