五军都督府建立于明朝洪武十三年（1380年），用于管理卫所。
五军都督府的前身是大都督府。吴元年（1367），罢大都督，以左右都督为长官。洪武十三年（1380年）相当于明太祖朱元璋废除丞相制的同时，同时废除大都督府，并改为中军、左军、右军、前军、后军等五军都督府。每都督府设左、右都督、正一品，并设有五军断事官。永乐十九年（1421年）迁都北京，以原五军都督府加“南京”二字，一如旧制。
五军都督府彼此平行，互不统辖，各自与兵部直接联系，最后奏请皇帝裁定。《明史‧职官志》云：“凡军制内外相维，武官不得辄下符征发”。五军都督府有统兵权但无调兵权，兵部有调兵权而无统兵权，两者互相制衡，以避免权力过大，与现代国家军队概念相同。五军都督府的成立是为制肘将帅拥兵自重，但亦因此削弱军事力量，使武将、士卒的社会政治地位日益低微。军事日益衰败。《明史‧兵制》称：“积轻积弱，重以隐占、虚冒诸弊，至举天下之兵，不足以任战守，而明遂亡矣”。明代中叶以后，卫所制受到破坏，五军都督府的职权渐被兵部取代。
各都督府，都督初间以公、侯、伯为之，可参与军国大事；后率以公、侯、伯署府事，同知、佥事参赞军事。
其属有：
(洪武废)
