巴生谷作为马来西亚交通运输网最为密集之地，是目前马来西亚唯一拥有轨道交通系统的地区。吉隆坡的轨道交通系统由吉隆坡快捷通、马来西亚铁道局、吉隆坡机场快铁、马来西亚捷运公司等分别经营，并各自拥有独立线路。由各公司发行的票劵之间亦互不相通，目前暂时只有吉隆坡快捷通旗下的线路可以互通票卷。目前，巴生谷所有线路的运营总长度为474.7公里，共有175个车站，10条列车线路。首条区域铁路万挠－芙蓉线自1995年通车后，开启了巴生河流域短程轨道运输的新里程。下表中车站根据个别线路列出，粗体车站则表示提供停车换乘。
马来亚铁道通勤铁路服务于1995年推出，是第一个在吉隆坡和周边巴生谷郊区提供本地铁路服务的城市轨道交通系统。在这之后的轻快铁和单轨铁路陆续投入使用，为吉隆坡市区及其卫星城市如安邦、八打灵再也、鹅唛县等地区提供服务。加影捷运线投入使用后将吉隆坡西北部的双溪毛糯和白沙罗，东南部的蕉赖和加影和市中心串在一起。布城捷运线则将双溪毛糯和吉隆坡甲洞串联起来。
目前马来亚铁道拥有两条通勤铁路线，分别为芙蓉线和巴生港线。不像安邦和大城堡线，两条线路只有中间是连着的，这些站即为这两条线路的转换站。过了吉隆坡站后这两条线路分开并分别前往普罗士邦/淡边站和巴生港站。
（注：马来亚铁道在2015年统一其通勤服务，使原本黑风洞至巴生港的线路切换为从丹绒马林前往巴生港，反之亦然。）
标示：
而马来西亚政府也计划兴建一条新的货运通勤铁路，将从双文丹途经巴生港至芙蓉市以绕过繁忙的吉隆坡市中心，其中双文丹至巴生港的铁路已被纳入东海岸衔接铁道的第二阶段工程。
33 安邦线和44 大城堡线
AG4 SP4
经NU Sentral抵达吉隆坡中央单轨车站以换乘至
88 吉隆坡单轨列车，
经国家博物馆站换乘至
99 加影线 SBK15
1010 天空花园线
目前巴生谷拥有三条轻型铁路，分别为安邦线、大城堡线和格拉那再也线，未来将会有万达镇－巴生线。这三条都是轻快铁线路。第3和第4条线从冼都东站开始到陈秀连站都是互相连接的，这些站即为这两条铁路的转换站。过了陈秀连站后这两条铁路分开并分别前往安邦站和布特拉高原站。布特拉高原站也是大城堡线和格拉那再也线的转换站。大部分车站结构都为高架车站，除了一部分车站位于地下或地上。
巴生谷目前共计划设立两条快捷巴士系统（BRT，简称巴士线），分别为双威线和联邦线（目前已搁置）。其中双威线是由马来西亚国家基建和双威集团的合作营运，为雪兰莪双威镇和梳邦再也UEP区的居民提供轨道交通服务，同是也是巴生谷综合运输系统的一部分。双威线从斯迪亚再也站开始延伸至USJ7站。未来新开放的联邦线将会沿着联邦大道建造，衔接巴生和吉隆坡中央车站，惟目前此项计划已搁置。
巴生谷目前共有两条机场铁路网络，由吉隆坡机场快铁（ERL）营运，两条线路分别是吉隆坡机场快线（KLIA Ekspres）和吉隆坡机场支线（KLIA Transit）。
吉隆坡机场快线提供从机场直达前往吉隆坡中央车站的服务。吉隆坡机场支线则是在途经沙叻丁宜、布城、南湖镇等站之后才抵达中央车站。
不仅如此，2018年5月投入运作的的天空花园线将会从梳邦再也站延伸8.157公里至天空花园航站楼站，天空花园航站楼也是梳邦机场的第三航站楼
经NU Sentral抵达吉隆坡中央单轨车站以换乘至
88 吉隆坡单轨列车，
经国家博物馆站换乘至
99 加影线 SBK15
乘坐吉隆坡单轨列车环游整个吉隆坡市中心。可在蒂蒂旺沙站和汉都亚站分别换乘至安邦线和大城堡线。
巴生谷捷运系统是马来西亚一项大型基础建设工程，并计划投资366亿令吉以兴建3条高运量捷运路线，线路总长度将达150公里，形成连接首都吉隆坡方圆20公里地区的轨道交通网络，并预计每天载送乘客量可达最高200万人次；一号线为连接双溪毛糯、哥打白沙罗、吉隆坡市中心、蕉赖和加影的加影线；二号线为连接双溪毛糯、甲洞、吉隆坡、沙登和布城的布城线；三号线则是连接吉隆坡市中心商业地带的环状线（MRT Circle Line），将连接满家乐、马来西亚城、安邦、文良港等地区。
注：以下车站名称编号等在开通之前可能会更改，以官方网站资讯为准。
注：环状线目前已被搁置兴建，以下旧路线仅供参考。
Hospital Ampang
Taman Muda
Kampung Cheras Baru
Taman Midah
Bandar Sri Permaisuri
Taman Desa
目前待定，大致路线为赛城、布城、万宜新镇和加影，并和现有和建造中的捷运、高铁站衔接。
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