秘雕鱼是当鱼畸形导致鱼背隆起或体侧弯曲，以X光检视骨骼型态，脊椎形状呈现波浪状、单弯、双弯，甚至3弯，弯曲程度视个体畸形的严重情况而异。因为看起来像是黄俊雄布袋戏里面的角色“秘雕”，故被称为“秘雕鱼”。于1993年，台湾环保团体曾于核二厂附近发现畸形花身鸡鱼，于是台湾电力公司特别委托专家调查，并解释为水温所引起，但在调整出水口及水温之后，畸形鱼并没有减少，邵广昭（中央研究院动物所所长）表示，这是因为核二厂改善工程当初并非是为了解决82年发现秘雕鱼事件而作，而是早在76年时台电为符合环保署制订之两项“放流水标准”之一，“在出水口外500米处水温不得超过背景水温加4℃”之规定即已策划并定案。此工程延宕至民国82年起才施工，并于83年完成。启用后确已达到使温排水在排水口外海扩散较佳之预期效果，但在“出水口内”及“堤岸旁”之近域内之水温，因为海水还没来得及流到外面去扩散和稀释，当然水温是不可能降低的。而嗜高温的鱼苗被温水诱引而来也无法阻止，同时在岸边又有淡水外流的诱因下，鱼苗乃聚集生活在出水口内或堤岸边，故而造成畸形。因此核二厂之排水口改善工程与秘雕鱼其实并无关连，也很难防止秘雕鱼不再产生。之后又发现豆仔鱼、乌鱼和虱目鱼等鱼类畸形。
1993年7月31日金山乡民范正堂于台电核能二厂排水口发现大量变型花身鸡鱼（秘雕鱼）。这些鱼的脊柱成规则性的上下左右双S型弯曲，有些还眼睛外凸，举世罕见。而秘雕鱼分布仅限核二厂出水口一带，明显的系核二厂环境因子所造成。在此之前，已有过发现“鱼尸”横遍万里沙滩的记录。
2011年2月有民众发现石门水库有大批长满畸形肿瘤的奇特鱼类，经过鱼病专家解剖发现，部分10公分不到的鱼体内，竟然有100多只寄生性吸虫。这些寄生虫经研究后确认为俗称“黄吸虫”的扁弯口吸虫（ Yamashita, 1938）的囊状幼虫（）。
