变形虫科(学名:Amoebidae),又称真正变形虫科、阿米巴科,是变形虫界叶足亚门的一个科,最早由克里斯汀·戈特弗里德·埃伦伯格于1838年发表描述。本科的类群会形成接近圆柱状、顶端透明的伪足以司摄食,通常具有数个伪足。细胞中可能具有单一细胞核,也可能具有多个细胞核。核仁常分为数个片段。细胞质中具有许多结晶。
变形虫科过去曾被归入变形虫目(荷兰语:Amoebida)(Amoebida)。1987年,本科被归入叶足纲裸阿米巴亚纲(荷兰语:Gymnamoebia)的真变形目(德语:Euamoebida)(Euamoebida),同目还有甲变科(英语:Thecamoebidae)(Thecamoebidae)、哈氏科(英语:Hartmannellidae)(Hartmannellidae)、蒲变科(英语:Vannellidae)(Vannellidae)、拟变形科(英语:Paramoebidae)(Paramoebidae)与杆变科(英语:Vexilliferidae)(Vexilliferidae)等科。2001年,有学者指出变形虫科、哈氏科与胶丝目(英语:Leptomyxida)(Leptomyxida)为裸阿米巴亚纲的核心演化支,后来也有分子种系发生学的研究结果支持此观点,且发现有壳管状根足目(英语:Arcellinida)(Arcellinida)亦属于此演化支。2005年,一篇研究以核糖体DNA序列分析叶足亚门各类群的亲缘关系,结果将变形菌科与哈氏科归入新设立的Tubulinea(英语:Tubulinea)纲Tubulinida目。胶丝目与有壳管状根足目亦被归入Tubulinea纲中。
2009年的一篇研究显示本科的类群中,卓变形虫属可能不是单系群,该研究做出的演化树显示比卡罗来纳卓变虫()和变形虫属的物种还早分支。
大变形虫(英语:Amoeba proteus)
卡罗来纳卓变虫
哈氏科(英语:Hartmannellidae)