坐标：23°33′49″N 119°33′52″E / 23.563634°N 119.564436°E / 23.563634; 119.564436
施公祠，旧称施将军庙。康熙廿二年（1683年），福建水师提督施琅率兵攻克明郑政权，郑克塽投降，台湾初次归收编入大清帝国版图，乃设台湾道，归属福建省。同年中秋，清康熙封施琅为“靖海将军候”，封靖海侯，由此推估施将军庙建祠的期间为施琅封侯(1683，康熙二十二年)至逝世(1696，康熙三十五年)间所建。
今澎湖施公祠及万军井位于天后宫东侧中央街，施公祠原称“施将军庙”，本祠原位于妈宫澳东街与海坛馆为邻（今部立澎湖医院处）。原创建于1684（清康熙 23）年，施琅受封清海侯后所建的生祠。1832（道光12）年后，因入祀海坛殉 职官兵木主，乃易名为施公祠。1843（道光23）年由海坛右营戎澎兵丁捐饷银重修，并立碑记载。 碑文纪载:
道光癸卯年花月 施公祠重修 海坛右营戎澎各队目兵丁等四百二十八名共捐饷银壹百二十八两四钱正 董事海坛刘印元成另捐饷银贰拾两正 海坛各伙房长仝公立
依据目前史料所载，台湾原有两座祭祀施琅庙祠。其一于台南，其二于澎湖。台南部分依据重修台湾县志卷六记载:“施侯祠于宁南坊，祀太子少保靖海将军靖海侯施琅”。但清康熙59年(1720)因地震而圮，即未再重建。另澎湖纪略澎湖续编纪亦纪载:“施将军庙，庙在妈宫澳东街。前水师提督施琅平台有功，封靖海侯，官民建祠祀之。通判蒋镛查在澎奉差因公遭风殁于王事者，皆无专祀，因筹捐铜钱三十二千文，发交盐馆生息；又筹捐铜钱四十千文，移营生息，附祭各木主于此以报之。”。
日治时期大正3年（1914）庙址（妈宫澳东街、今署立澎湖医院处）被征用辟为医院院舍，故与海坛馆一同迁建于中央街今址，神像初置于海坛标兵之伙房供祭祀（即现址），复由施琅部属之后代项秀明于是年重建。目前依文化资产保存法公告为县（巿）定古迹。所以现在所看到的施公祠其实是二合一的“连体庙馆”。本祠于1914年迁建迄今业已超过九十年了；期间，继任管理人项炎奂先生曾于1970年和1991年整修过两次，目前已被文建会列为三级古迹，2004年因内部已残破不堪，由时任管理人项忠信先生主持，依原样再行重修。
现在看施公祠，虽然显得有些窄小，但在迁建的当时，这地段可是属于繁华的街市之中，犹如台北的西门町闹区一般。再从高高的院墙，左右有厢房，正殿前尚留有小小的中庭，格局方方正正，可谓“麻雀虽小、五脏俱全”，整体而言，虽然没有华丽丰富的装饰和特殊的建筑构造，难得的是它承继了三百多年来不间断的香火，保留下台澎地区的唯一。
因本庙祠与海坛馆合祀，故祭祀神明众多。除了前排中间施琅外，后排中供奉妈祖，左边为玉帝爷，右边为海山城隍爷及范、谢将 军。西边案桌供奉1832（道光12）年赴台平定“张丙之乱”殉职的海坛镇镖杨高升及澎湖水师高清河等官兵的神位，
内有悬挂澎湖水师副将詹功显在道光十五年（1835年）所立“寰海皆春”匾，以及与澎湖水师协海坛镇营相关等多项文物，如“道光癸卯年重修碑”（1843），以及施公祠入口处“福曜海山”匾（1898），由明治戊戌年（1898）海坛镇将兵后人所立。其中“寰海皆春”是当年澎湖水师副将（是当年在澎湖位阶最高的长官）詹功显于道光十五年（公元1835年）所题赠，显见当时施公祠在地方的地位。
香油捐献碑 (1842)
施公祠道光癸卯年重修碑 (1843)
澎湖天后宫旁，福建省海坛馆址
施公祠外部
神明厅
寰海皆春匾（1835）
福建澎湖水师殉职军士之神位
