文澳祖师庙，主祀清水祖师陈昭应，今为台湾澎湖县马公市西文里的公庙，聚落四周设有六营以保境安民。根据乾隆卅二年（1767年）胡建伟总编的《澎湖纪略》纪载，祖师庙建造于康熙年间，相传当时有一僧侣自泉州安溪清水岩东渡，来到文澳地区替居民治病，且不收取分文，故设立此庙感念。
祖师庙建造于原澎湖厅署西侧，坐北朝南、面海背山，风水甚佳。虽今日已是新式庙宇的建筑外观，究其历史渊源，祖师庙同澎湖水仙宫、澎湖观音亭、施公祠与东甲北极殿等，皆为澎湖在康熙年间已有文献纪录的祠庙。
根据胡建伟《澎湖纪略》和蒋镛《澎湖续编》所载，关于文澳祖师庙的兴建起源以及于乾隆廿九年（1764年）与嘉庆十六年（1811年）修建的纪录中，其整修多为民间里人募捐出资，庶民色彩更形浓厚。
民国48年（1959年）祖师庙三度重建，民国54年（1963年）里人叶顺鸿等再劝捐重修，民国75年（1986年）遭逢韦恩台风侵袭，庙舍漏水严重，里人陈明廷、林财达与林永安等筹组重建委员会，亦延请文澳清水祖师分灵至高雄大港埔祖师庙的负责人蔡进宗为委员。1993年动工，1997年12月21日历时四年八个月终告竣工。落成后新庙亦采坐北朝南，庙宇样式即为现状。
1895年（光绪21年），时逢乙未战争，澎湖鸾堂始祖“一新社”为躲避兵燹，迁至西文澳的民宅扶鸾宣讲，另于1902年（明治35年）在祖师庙东邻创办“圣真宝殿”。文澳祖师庙受一新社与文澳圣真宝殿的影响，亦于1921年（大正10年）开办鸾堂，即“登岸社礼善堂”。直到民国55年（1966），一新社另行于马公市区筹办庙宇“一新社圣真宝殿”，“登岸社礼善堂”随之迁移到文澳圣真宝殿。
此外，1993年祖师庙修葺期间，暂驻行馆于文澳圣真宝殿，原庙四垂亭亦移架圣真宝殿使用。
文澳祖师庙正厅尚存有《唤醒善导》手册四本，亦为鸾堂善书。
澎湖地区盛行恭请四方庇佑的小法仪式时时会在祖师庙前广场举行。此外，文澳祖师庙内悬挂三个清代便保存下来的匾额文物，分别是“清溪垂庇匾”、“一方之庇匾”与“千江明月匾”。除了“清溪垂庇匾”之外，“一方之庇匾”与“千江明月匾”皆有落款明确的立匾年份。
乙巳年（应为1725或1785年）
雍正7年 (1729年)
同治3年 (1864年)
小法仪式
小法仪式
置于祖师庙正殿上方的“清溪垂庇匾”，由于仅落款“乙巳年”，庙方立碑之际，便将祖师庙立庙历史推至康熙四年（1665），即明郑永历19年便已立庙。澎湖文史工作者许玉河则认为此匾所指的乙巳年应系雍正三年（1725）或乾隆五十年（1785），推论之依据在于清溪垂庇匾下款“四甲众弟子敬叩”之“四甲”二字；“甲”常见于清代澎湖聚落的自治单位，具有一定的人口规模才能形成四个甲的单位组织，但依照明郑东宁政权时期治澎政策，延平郡王郑经系将澎湖岛布署为军事基地，兵多于民，并不太可能形成高达“四甲”的村庄规模，故提出立匾之乙巳年为1725年或1785年的主张。
屋顶、庙名
正殿
正殿
镇殿清水祖师像
参与绕境出巡的祖师像
文澳祖师庙之平安符
马公市文澳地区周遭为海埔新生地，早期多为住宅区、商店不多，文澳庙埕前腹地广大，便开放些许摊贩在此摆摊兼卖点心、宵夜。近年来由于大型饭店与民宿进驻林立，观光人潮涌入文澳地区，祖师庙因应地方需求，于2016年起开办夏季观光夜市，在澎湖宫庙中亦属创举。
坐标：23°33′56″N 119°34′57″E / 23.565554°N 119.582558°E / 23.565554; 119.582558
