亚美尼亚国内的反阿塞拜疆情绪主要是源于两国（英语：Armenia–Azerbaijan relations）之间关于纳戈尔诺-卡拉巴赫的未解决领土冲突。由于领土冲突目前仍未有令人满意的解决方案，亚美尼亚的民族主义者（英语：Armenian nationalism）愈益激进，反阿塞拜疆情绪亦进一步深化。非政府组织人权观察认为沙俄和苏联以抨击某一个民族来巩固中央统治，这正是两国冲突的起源。
在早期，由于奥斯曼帝国推行反亚美尼亚政策，外高加索的亚美尼亚人视阿塞拜疆人与其平等。1905年8月，有亚美尼亚的民族主义者发表宣言，呼吁从“圣地亚美尼亚”驱逐突厥人，引致暴力事件，造成数百名阿塞拜疆人在舒沙死亡。
纳戈尔诺-卡拉巴赫战争后，亚美尼亚国内的反阿塞拜疆情绪快速增长，导致该国的阿塞拜疆人受到系统性的骚扰。1988年，第一波亚美尼亚难民潮在巴库出现；同年，约167,000名阿塞拜疆人和库尔德人被亚美尼亚苏维埃社会主义共和国驱逐出境。亚美尼亚的民族主义运动在冲突没有令人满意的解决方案下愈益激进，反阿塞拜疆情绪进一步深化，亚美尼亚更出现针对阿塞拜疆人的谋杀和暴力事件，以及小型的边界冲突。
1990年，埃里温一座清真寺被人以推土机推倒，使蓝色清真寺成为该城市唯一的清真寺。
探讨两国关系的英国记者托马斯·德瓦尔（英语：Thomas de Waal）认为亚美尼亚的破坏清真寺事件是由“语言学戏法”所推动，因为名词“阿塞拜疆人”在20世纪前未受到广泛使用，而阿塞拜疆人当时被称为鞑靼人、突厥人或“穆斯林”；一座建于1760年的清真寺的礼拜者是说突厥语的萨法维王朝什叶派信徒，他们被认为是阿塞拜疆人的祖先。
继大量亚美尼亚人在纳戈尔诺-卡拉巴赫示威，斯捷潘纳克特的阿塞拜疆人于1988年2月12日被驱逐出外；据说，阿塞拜疆在该年不能在斯捷潘纳克特的企业工作，亦不能在当地购买面包和使用公共交通工具。1988年6月7日，阿塞拜疆人被人从亚美尼亚－土耳其边界附近的城镇马西斯（英语：Masis, Armenia）驱逐；同年6月20日，亚拉拉特省有五个阿塞拜疆村落遭到清洗。尽管亚美尼亚和阿塞拜疆的政党经常针对煽动或没有试图阻止种族冲突者，他们就此采取的措施在整体上很少。有报导指，以贝鲁特为基地的亚美尼亚解放秘密军曾破坏巴库。
1993年，由于纳戈尔诺-卡拉巴赫的亚美尼亚军队占领了边界之外的领土，并驱逐当地的阿塞拜疆人，阿塞拜疆境内出现大量流离失所者（英语：Refugees and internally displaced persons in Azerbaijan）。
2003年1月16日，时任亚美尼亚总统罗伯特·科恰良指阿塞拜疆人和亚美尼亚人“种族不相容”，而纳戈尔诺-卡拉巴赫的亚美尼亚人内的不可能在阿塞拜疆共和国生活。同月30日，时任欧洲议会秘书长沃尔特·施维默（英语：Walter Schwimmer）指科恰良上述言论“无异于好战”；欧洲议会主席彼得·席德尔表示希望科恰良“种族不相容”的言论是翻译不正确，又欧洲议会创立以来从来没有听过“种族不相容”。
2010年，有在埃里温举行阿塞拜疆电影节的倡议因大民反对而被禁止；2012年4月12日，有提出高加索和平的团体在英美大使馆支持下举行阿塞拜疆短片节，但因场地被抗议者封锁而取消。
托马斯·德瓦尔和现任亚美尼亚总统谢尔日·萨尔基相均指战争的伤亡被大幅夸大，逃亡的阿塞拜疆人武装抵抗；萨尔基相又认为战争前阿塞拜疆人“认为他们正跟我们（亚美尼亚人）开玩笑”，他们又认为亚美尼亚人不能举手反对，而亚美尼亚人能够打破这刻板印象。
