方圆社（日语：方円社）是一个于1879年（明治十二年）创立的日本围棋组织，是明治后期日本主要的围棋组织，也是日本国内第一个现代化围棋组织。在此之前日本围棋均由四大家领导，但自明治维新以来，四大家的俸禄被取消，棋士大多改行而去，使围棋一度陷入萧条时期，直到方圆社建立，在村赖秀甫与中川龟三郎（日语：中川亀三郎）领导之下，创立许多现代化制度，才使弈风渐渐兴盛起来。
1875年起，中川龟三郎与小林铁次郎（日语：小林鉄次郎）恢复了本因坊秀和生前主持的围棋组织三日会，并得吉田半十郎（日语：吉田半十郎）、水谷缝治（日语：水谷縫治）、高桥周德、酒井安次郎等多位棋手之拥护，决定正式成立棋社。吉田半十郎建议棋社名称为“方圆社”，中川龟三郎等则认为自己力量有限，便找来在东京赋闲、颇有声望的村赖秀甫主持新组织，秀甫立刻答应，并推举中川龟三郎为副社长、小林铁次郎为总干事。同年四月，方圆社正式成立。
方圆社成立后，受到不少维新人物，包括杉山千和、大久保利通、后藤象二郎、井上馨、大隈重信、岩崎弥太郎、涩泽荣一等政治家、实业家的大力支持，他们为方圆社募集了不少资金。方圆社创立了许多新制度，如发行围棋专门刊物“围棋新报”（为世界上第一本围棋的专本杂志）、创立塾生制度、新闻诘碁等，不到一年的时间就打败四大家，成为棋界独霸的局面，方圆社开创了比天保年间还盛的棋风，美国公使、德国公使及韩国政客金玉均都曾是社中常客。
方圆社创立之初，村赖秀甫曾前往四大家拜谒，希望能扩大组织，成立统一的研究合同，但本因坊家督秀元与其兄林家家督秀荣两人却坚决反对，其借口为席次不公，其实是两人与井上家家督松本因硕不合之故。不久，秀元即宣布将主持方圆社的村赖秀甫及中川龟三郎开除家籍（两人原本皆属本因坊家），秀荣也开除了参加方圆社的本门弟子林佐野的家籍。两人的行为不但对现况毫无帮助，反而引起许多人的反感，原属本因坊家的高桥杵三郎（日语：高橋杵三郎）就十分不以为然，自动把坊门的免状掷在秀元面前，把秀元骂了一顿，并脱离家籍转投方圆社。
方圆社也开始发行免状（围棋段位证书），打破历来免状只由四大家发行的传统，更抢了四大家的财路，使四大家备感生存威胁严重。
方圆社的制度中，棋士要定期比赛，此举一反四大家闭门研究的传统，增进了棋士间的交流。方圆社成立初期，水谷缝治、小林铁次郎、高桥杵三郎与酒井安次郎四人的成绩最好，号称“四大天王”。其中又以水谷缝治的棋力最为秀甫所赞赏。
相较之下，秀荣与秀元兄弟领导的本因坊家则毫无作为，秀荣认为要与方圆社争霸，需以家督的棋力为前提，就要求棋力较弱的秀元让位给他，1884年秀荣就任第十七世本因坊，并把林家并入本因坊家，将其资金用于坊门，不再另立家督。秀荣接着在与方圆社的比赛中先后赢了高桥杵三郎及中川龟三郎，并以黑棋赢了村赖秀甫，一时威名大震，但之后几盘秀甫都赢，直到第五局才又由秀荣扳回一乘，以下成拉锯状态，但秀甫始终比秀荣多赢两局，至此天下棋士均公认秀甫棋力为第一。方圆社棋士便想趁机推举秀甫成为名人（即九段），但秀甫谦辞不就。
秀荣在第九局赢了秀甫后，后藤象二郎出面建议秀荣与方圆社合作，金玉均也向秀荣分析利害，建议秀荣不但与秀甫合作，还要请秀甫兼任本因坊家督，自己成为方圆社的社员，如此则因秀荣棋力只输给秀甫，等秀甫去世后，必无人能与秀荣抗争，如此则秀荣可名正言顺的成为秀甫的接班人，同时执掌方圆社与本因坊家。秀荣听了十分高兴，立刻请后藤象二郎出面和秀甫谈判，之后于1886年达成如下协定：
秀甫兼任本因坊家督后，就努力团结安井及井上两家，并广泛组织各地的方圆社分社。在他的促成之下，泉秀节（日语：泉秀節）于大阪建立了方圆社的关西分社，中根凤次郎（日语：中根鳳次郎）组织中国分社，降矢冲三郎筹组横滨分社等。由于积劳成疾，秀甫于同年过世了，享年49岁。中江兆民在《一年有半》中列举日本近代非凡的三十人，其中就有秀甫在列，足见其受人重视之程度。
秀甫死后，方圆社继任者为中川龟三郎，本因坊家家督则由秀荣重任，由于两人棋力相当，造成方圆社与本因坊家在东京对峙的局面，关西方面则是方圆社的分社与井上家合作，虽有两派却不如东京之对立。1899年，中川龟三郎退休，本希望石井千治（日语：石井千治）继任社长，客座的岩崎健造（日语：巌崎健造）加以辅佐，但岩崎健造早想取得社长的职位，便佯装会错意而接任社长，并让石井千治担任副座，中川龟三郎也不好意思将他拉下来，便将错就错。
岩崎健造接任社长后，大力整顿社务，他将方圆社迁到自己的家中以节省租金，又变更大手合制度为每月两次，并在方圆社发行的“围棋新报”上刊登广告以增加收益。同年还请读卖新闻主办“围棋电信手合”，由岩崎健造与泉秀节对局，每天只刊登一两手，激起棋迷兴趣，并分析局势变化。读卖新闻刊载围棋谱即是由此开始。
岩崎健造虽对社务大有贡献，却凡事独断独行，石井千治对其不满，就脱社建立了“围棋同志会”。岩崎健造退休前在石井与广濑平治郎（日语：広瀬平治郎）中考虑后继人，终因广濑人缘恶劣而要求石井回社继任社长，并提升广濑平治郎为六段以安抚其不满之气。
在这段时间，秀荣名人过世了，本因坊秀哉接任本因坊家督。
广濑平治郎到任后，向各界募款十五万元，计划创立日本围棋协会，统一组织。但他与岩崎健造一样人缘颇差，基金才筹得一万五千元，他就自行把方圆社搬到丸之内大楼，此事事前没有人知道，濑越宪作、铃木为次郎（日语：鈴木為次郎）等理事提出抗议，广濑拉拢两人，要求理事会追认迁社的事，濑越等人提出协会资金账目必须公开，广濑也同意了，不料广濑身边的一位侍童被责骂后心有不甘，跑到濑越处将广濑历来瞧不起濑越、铃木等人的言论向两人告密，两人大为愤怒，且他们本来就对旧制有所不满，一气之下便脱离方圆社，建立了裨圣会（日语：裨聖会）。广濑正因资金没有着落而烦恼，又逢濑越等人脱社，一急之下便生了病，不幸半身瘫痪、无法工作，索性退休，以岩佐�（日语：岩佐銈）继任社长，并擢升爱徒加藤信（日语：加藤信）为副社。
裨圣会成立后，由于采行新制度，十分吸引年轻棋士，使积习较深的本因坊家与方圆社大为苦恼。本因坊秀哉考虑后决定与方圆社合作，加藤信也同意，于是两派便在丸之内大楼合组为“中央棋院”。但两家貌合神离，实际上只是彼此利用，三个月后，加藤信不甘本因坊家利用方圆社现成的资金，向秀哉提出“旧方圆社所募资金应归方圆社所有”及“棋院新报实为方圆社围棋新报之延续，该报发行与营业应归方圆社所有”两项要求，甚至要求秀哉取消本因坊的头衔，恢复田村保寿原名。秀哉不能接受这些不合理的要求，加藤信便以此为由，于4月5日晚上连夜将中央棋院的招牌拆下，换上方圆社的老招牌，第二天本因坊家的棋士要到棋院时都被阻挡、不得进入。本因坊秀哉大为愤怒，另在银座成立中央棋院。原属方圆社的喜多文子（日语：喜多文子）及小野田千代太郎（日语：小野田千代太郎）由于觉得加藤信举止荒唐，便脱社而投奔中央棋院。
1923年，日本发生关东大地震，中央棋院、裨圣会与方圆社均受到了重大破坏，棋士们也大多改行，幸而半年后大仓喜七郎独立拿出十万元，成立了日本棋院，统一了棋界组织。1924年5月20日，方圆社也宣告解散，社员在松泉阁召开诀别宴。
