亚马孙州市镇列表列出位于巴西北部的亚马孙州当前下辖的所有市镇。巴西地理统计局（英语：Brazilian Institute of Geography and Statistics）于2020年估计，该州人口4,207,714人，占巴西人口的1.987%，在巴西各州及联邦区名列第13；面积1,559,168.117平方千米（601,998.176平方英里），占巴西国土的18.321%，为在巴西各州及联邦区面积最大者。
亚马孙河流域至少在一万年前便有人居住，这些处于石器时代的居民分布于数百个部落中，其中有小部落及人数以万计的部落。1494年，葡西双方签署《托德西利亚斯条约》，指出当时的亚马孙是处于西班牙帝国的统治之下。1541年，西班牙人贡萨洛·皮萨罗（西班牙语：Gonzalo Pizarro）在远征安地斯山脉以东（今秘鲁）时资源短缺，而其堂表亲法兰西斯科·德·奥雷亚纳便因此提出带领60名男子和远征船只一同寻找物资。他沿纳波河至其与亚马孙河交会处，再至亚马孙河河口，成为第一位探索整条河流的白人。在探险期间，他们遇见一些印地安女战士，其便如同希腊神话的亚马孙人般，探险家因而将河流命名为“亚马孙河”。除西班牙外，葡、法、荷、英等国亦无所畏忌地入侵亚马孙并开采丁香、瓜拿纳、树脂以及木材等资源。1669年，葡萄牙上尉弗朗西斯科·达·莫塔·法尔康（Francisco da Mota Falcão）在今日的马瑙斯建立圣若泽达巴拉杜里约内格罗堡（葡萄牙语：Forte de São José da Barra do Rio Negro）。1750年，葡西双方签署马德里条约（葡萄牙语：Tratado de Madrid (1750)），使西班牙失去对于广大亚马孙地区的主导权。1755年，圣若泽杜里约内格罗领地（葡萄牙语：Capitania de São José do Rio Negro）成立，以巴拉杜里约内格罗（Barra do Rio Negro，今马瑙斯）为首府，并使其成为帕拉的一部分。巴西独立后，该地于1850年才脱离对帕拉的依赖，取得自治权。1852年，皇帝佩德罗二世宣布建立亚马孙省。随着以橡胶为原材料的产业兴起，亚马孙河于1866年开放予国际航行。1889年，巴西帝国被推翻，省改制为州。1890年代起，全球大量的橡胶需求吸引了从东北部到首府的移民，使其基础设施及人口均有显著的改变。1910年代至1920年代，因为英国人亨利·威克翰将橡胶种子走私回伦敦使其不久后于英国殖民地锡兰及马来亚有效率地生长，造成巴西失去对橡胶的垄断，结束了亚马逊橡胶热潮。二战期间，日本占领马来亚使当地橡胶产业短暂繁荣。1967年，马瑙斯自由区（葡萄牙语：Zona Franca de Manaus）成立，促使工业移入该地。1970年代，政府决定以在丛林中铺设道路及殖民内陆来巩固其对亚马孙流域的控制，使对亚马孙雨林的破坏大行其道。
亚马孙州划分为4个中级地理区（葡萄牙语：Regiões geográficas intermediárias e imediatas）、11个直接地理区（葡萄牙语：Regiões geográficas intermediárias e imediatas）及62个市镇。马瑙斯为亚马孙州首府，是该州人口最多及人口密度最高的市镇，人口超过200万人。雅普拉为人口数最少及人口密度最低的市镇。面积最大的市镇为巴塞洛斯，其同时亦是全国面积第二大的市镇，仅次于阿尔塔米拉；伊兰杜巴为面积最小的市镇。
本列表依代码排序，并给出市镇的名称、代码、所属地理区、人口、面积、密度等资料。
马瑙斯，亚马孙州首府，巴西北部人口最多的城市，也是全国人口第七多的城市。
帕林廷斯，该州人口第二多的市镇。图为耶稣圣心教堂。
伊塔夸蒂亚拉，该州人口第三多的市镇。图为乌鲁布河（葡萄牙语：Rio Urubu）。
马纳卡普鲁，该州人口第四多的市镇。图为乌比姆湖（Lago do Ubim）。
夸里，该州人口第五多的市镇。
