爱沙尼亚－韩国关系（爱沙尼亚语：Eesti ja Lõuna-Korea suhted）亦称韩国－爱沙尼亚关系（韩语：대한민국-에스토니아 관계，是指爱沙尼亚与大韩民国两国的双边关系。两国关系友好。爱沙尼亚外交部长乌尔马斯·佩特（英语：Urmas Paet）在会见韩国总理郑云灿时亦称韩国是包括爱沙尼亚在内的欧盟诸国“重要的战略伙伴”。两国均为经济合作暨发展组织成员国、法文国家及地区国际组织观察员国。
爱沙尼亚于1991年8月20日脱离苏联独立，1991年10月17日，韩国政府承认爱沙尼亚并与之建交。爱沙尼亚是欧盟中除法国之外，另一个不承认朝鲜的主权国家地位，只承认韩国政府为朝鲜半岛的唯一合法政府的国家。爱沙尼亚政府一直呼吁国际社会加强对北韩的制裁。
2010年11月23日，延坪岛炮击事件后，爱沙尼亚外交部发表声明，谴责北韩对韩国的攻击行为，并表达了对韩国的支持。
爱沙尼亚总统克尔斯季·卡柳莱德于2018年1月首次对韩国进行正式访问，她表示“爱沙尼亚与韩国有很多东西可以互相学习，两国可以一起成为全球数字社会的代言人”，同年10月，卡柳莱德再次对韩国进行工作访问，并获得首尔市荣誉市民称号。
2020年9月，爱沙尼亚向韩国派遣首任常驻代办Marti Mätas主持驻韩国大使馆开馆典礼，Marti Mätas表示开设驻韩大使馆“有利于加强爱、韩两国的经济合作，亦有利于爱沙尼亚企业开拓韩国市场”。
2019年，爱沙尼亚与韩国贸易总额达1.18亿欧元，较2018年减少1％，韩国是爱沙尼亚的第28大贸易伙伴。爱沙尼亚主要向韩国出口机械、机械设备及木制品，而韩国主要向爱沙尼亚出口汽车等产品。截至2019年9月，约有110家韩国企业在爱沙尼亚拥有投资项目。
爱沙尼亚政府亦重视加强与包括韩国在内的亚洲国家及新兴市场国家关系。2019年9月，韩国SK电讯与爱沙尼亚RIK基因库签署了谅解备忘录。自2018年以来，爱沙尼亚企业与韩国京畿道之间亦开展了一系列的科技产业合作。
欧洲申根区给予持有韩国护照之韩国公民可以申根区免签证入境，停留日数与申根区合并计算，每6个月期间内总计可停留90天。
爱沙尼亚公民持有欧盟护照者也可以免签证的方式入境韩国，停留最多90天。爱沙尼亚非公民护照（英语：Estonian alien's passport）持有人则不能免签证。
爱沙尼亚于1996年9月在日本东京开设驻日大使馆（日语：駐日エストニア大使館），并兼辖韩国，2020年1月30日，爱沙尼亚外交部宣布将在韩国设立大使馆。同年9月，开放驻韩大使馆。而韩国尚未在爱沙尼亚设立常驻大使馆，对爱沙尼亚相关的事务由韩国驻芬兰大使馆兼辖。
