刚果民主共和国地区的历史悠久，可以追溯至数万年前。
现被称为刚果民主共和国的地区，在8万年前即有人类居住。早期的历史开始于刚果班图人的迁移浪潮，他们在公元前2000年到公元前500年从西北迁移到盆地地区，期间包括前殖民地时期至推翻殖民者时期。班图人的迁徙取代了本地土著俾格米人，他们将其文化融合进现代刚果南部地区。班图人从西非地区学习了农业和铁器的使用方法，以刚果班图语系为主要方言。
人类随后从达尔富尔和苏丹科尔多凡地区迁移进入刚果北部，东非人也迁移进入刚果东部，加速了民族的融合。人类迁移使技术从石器时代过渡到铁器时代。南部和西南部人大部分是狩猎、采集者，几乎不含金属技术的使用。金属工具在这段时间内的发展，彻底改变了农业和畜牧业。这导致东部和东南部的狩猎采集者被班图人取代。10世纪的班图人完成了最后一次向中部非洲西部的扩张。人口的增长使交易网络迅速形成，商业交易主要为盐、铁和铜。
在公元5世纪，一个氏族社会开始沿乌朋巴湖与加丹加的卢瓦拉巴河两岸发展。此文明被称为乌彭巴，最终演变成卢巴王国（Kingdom of Luba）以及隆达王国（Kingdom of Lunda）。原始的乌彭巴社会演变成卢巴王国的过程是渐进和复杂的。这种转变不断进行，发展出几种与乌彭巴文化不同的社会文化。每一个社会都来源发展自其之前社会文化（与罗马文化借鉴希腊文化相似）。
公元5世纪的社会演变在卡兰巴（Kamilamba）周围地区发展，然后由一些在桑加和加丹加周边的文化所取替。在刚果地区出现的是这些特别丰富的矿石，除了在象牙和其他商品的交易外，开始制定文明并实施钢铁、铜技术。乌彭巴因自己对金属工艺的大量需求建立了一套大型商路（超过1500公里的商业网络，直到印度洋）。此外，该地区拥有良好的农业条件和丰富的鱼类和野味。其强大的经济和粮食储备，使该地区变得非常富有。城邦和中央政府建立在酋长制度上，成为普遍接受的政治制度，统治者变得越来越强大，特别是在16世纪。
刚果民主共和国因刚果河而得名。十三世纪末叶以前，该地的土著王朝在刚果拓殖。班图人于13世纪末14世纪初在这个地区建立刚果王国，领土包括现在的刚果民主共和国、刚果共和国、加蓬和安哥拉的疆域。15世纪晚期，欧洲人来到这里开始奴隶贸易。到19世纪早期奴隶贸易结束的时候，这些班图王国都衰落了。
1482年葡萄牙的航海家狄亚哥最先发现刚果河、并且在河口立碑为志后，在以后的三世纪中，欧洲人才和刚果开始作初步的接触；有的人来此传教，有的人开始在濒大西洋的河口建立贸易站，用以贩卖奴隶和其他物品。但是因为内部蛮荒多阻，深入刚果内部的欧洲人十分稀少。
1816年，英国也对刚果发生兴趣，英国海军派遣杜凯上校，率领装备精良的探险队溯河深入探测，终于因为河流湍急、气候不适，杜凯一行人终告赍志以殁，他们的遗体现在还埋藏在波马附近的太子岛上。
刚果和文明世界的接触以及有计划的开发，始于1874年到1877年。英国探险家李文斯顿冒险深入刚果境内，但他将刚果河误认为是尼罗河的源流。1874年，新闻记者出身的英国探险家史丹利，组织了一支包括342人的大探险队，才认清楚了刚果河真貌。史丹利先向英国政府报告这块还没开发的财富之地，但是没有得到当时英国政府的资助支持，所以转向比利时。
1876年，比利时国王雷奥波尔特二世在布鲁塞尔召开国际开发非洲会议，斯丹利在非洲探险和经营的成就，深获比王的重视，于是就以国际开发名义极力资助斯丹利委托开发，使他重返非洲探险。斯丹利在逗留刚果5年期间，先后在各地建立了22处贸易站，同时在鲁巴那河上游行驶汽船，并且在斯丹利瀑布附近建筑铁路，替比利时国王建立了“刚果独立区”，并且在1885年成立刚果自治邦。同年获得在柏林会议中的列强所承认，使比利时国王成为刚果自治邦的主人，1908年就将这个地方正名为“比属刚果”。
刚果自由邦是一个通过殖民控制的非政府组织，由比利时利奥波德二世国王个人控制。利奥波德是董事长和唯一的股东，他越来越多地在上刚果地区攫取象牙，橡胶和矿产在世界市场上销售（虽然其名义上的目的是为了提升当地人民生活和该地区的发展）。自由邦包括现代刚果民主共和国整个地区，存在于1885年至1908年期间。刚果自由邦最终因对当地人民日益残酷的虐待和掠夺自然资源而声名狼藉，导致比利时政府将其废除，并于1908年接管。
比利时在1908年举行了有关刚果的会议，尽管比利时最初不同意，但迫于国际压力（尤其是来自英国），最终接管了比利时国王的刚果自由邦。从此，它被称为比利时属刚果殖民地，在比利时政府的统治下直到1960年。
在二次世界大战后，刚果民族意识普遍觉醒，民族运动逐渐酝酿。1960年，由帕特里斯·卢蒙巴领导的刚果民族运动党（MNC）赢得了议会选举，卢蒙巴被任命为总理。议会选举刚果人同盟（ABAKO）的约瑟夫·卡萨武布为总统。其他出现的政党包括Antoine Gizenga领导的非洲团结党（PSA），和Albert Delvaux与Laurent Mbariko领导的国家人民党（PNP）。比属刚果在1960年6月30日独立，改名为“刚果共和国”。独立后不久，加丹加省（由莫伊兹·冲伯领导）和南开赛省针对新领导人开展分裂斗争。在独立后留下的100,000欧洲人大多逃离了这个国家，为刚果人取代欧洲军事、行政精英铺平了道路。
刚果独立后与邻国同称刚果共和国，在两国名称后括注首都名称以作区别。1964年8月1日改国名为刚果民主共和国。1971年10月27日改国名为扎伊尔共和国，1997年5月17日，洛朗-德西雷·卡比拉领导的刚果解放民主力量同盟的武装部队攻占首都金沙萨，宣布就任总统，并恢复国名为刚果民主共和国至今。
第二次刚果战争从1998年开始，让这个国家满目疮痍，也被称为“非洲的世界大战”，因为涉及了9个非洲国家和大约20个武装势力。尽管在2003年签署了和平协定，战斗仍在在该国东部地区继续。在刚果东部，强奸和其他性暴力的发生率被描述为世界上最高的。此次战争是自第二次世界大战以来全世界最激烈的，1998年以来540万人死亡。绝大多数死于疟疾、腹泻、肺炎和营养不良。
2001年1月16日，卡比拉遭刺杀身亡。儿子约瑟夫·卡比拉继任总统。2011年，获得连任。
