自1878年柏林会议之后，奥匈帝国便占领了波斯尼亚州（英语：Bosnia Vilayet），并开始统治了波斯尼亚和黑塞哥维那，而原统治者奥斯曼土耳其帝国成了仅仅名义上的宗主国。到了1908年，波斯尼亚危机爆发，奥匈帝国派兵占领了波斯尼亚和黑塞哥维那，并由奥地利和匈牙利双方，开始了直接统治波斯尼亚和黑塞哥维那直辖省的时期，一直到第一次世界大战结束，奥匈帝国战败为止。一战结束后隔年，波黑地区便成了斯洛文尼亚人、克罗地亚人和塞尔维亚人国的一部分。
在俄土战争之后，西方列强在1878年6、7月了举行柏林会议。由此产生的柏林条约使得波斯尼亚和黑塞哥维那名义上仍处于奥斯曼土耳其帝国的主权之下，但实际上，他被割让给奥匈帝国，并且拥有实质的管辖权，同时，该国也得到了驻扎新帕扎尔区（英语：Sanjak of Novi Pazar）的权限.。为占领波斯尼亚，奥匈帝国指挥部动用了第6、7、20及28步兵师，总共有士兵82113人，马13313匹，火炮112门，并由约西普·菲利波维奇（英语：Josip Filipović）将军指挥。帝国军队于1878年7月29日开始进入波斯尼亚和黑塞哥维那。全境于同年10月20日，由奥匈完全控制。
在波黑境内的奥斯曼土耳其帝国军队人数达4万，大炮77门，再加上当地民兵的数量，总共9万3千人。两军于契特卢克、斯托拉茨、利夫诺和克洛布克（英语：Klobuk, Trebinje）发生重大冲突。尽管奥匈在马格拉伊（英语：Maglaj）和图兹拉皆遭击退，他们仍于1878年10月占领了萨拉热窝。奥匈帝国的伤亡人数超过5,000人，这场战役的意外暴力事件导致指挥官和政治领导人之间的相互指责的发生。由于奥匈帝国意识到他们的占领将意味着波斯尼亚穆斯林将失去基于其在宗教的特权地位，因此他们预计将会有穆斯林抗政的发生。
在奥匈占领了波黑之后，内部的紧张气氛仍未立刻改善，尤其是在黑塞哥维那。于1881年通过的征兵法，引发了一场于1882年1月爆发的武装起义，该起义于同年3月被镇压，其首领被处死，随后，以穆斯林为主的持不同政见者开始大量地移民。然而，波黑境内很快就达到相对稳定的状态，奥匈帝国当局得以着手进行一系列的社会和行政改革，旨在让波斯尼亚和黑塞哥维那成为“模范殖民地”。他们为该省建立稳定的政治模式，以消散不断上升的南斯拉夫民族主义。
1908年10月6日，奥匈帝国皇帝法兰兹·约瑟夫一世宣布将波黑并入奥匈帝国，并赋予人民自治及宪法权力。这一决定导致了波斯尼亚危机的开始，该危机总共涉及了俄罗斯、奥斯曼帝国、英国、意大利、塞尔维亚、黑山、德国和法国。1909年2月26日，该危机最终解决，当时奥斯曼帝国承认了奥匈帝国的并吞，并且撤离了新帕扎尔区，作为补偿，奥斯曼帝国得到了来自奥匈帝国的物资补偿。至此，波斯尼亚和黑塞哥维那正式成为奥匈帝国的主权的一部分。同年3月21日，德国对俄罗斯下达最后通牒，要求之承认奥匈帝国的吞并，而俄罗斯立刻便承认了。在失去了俄罗斯的承认下，塞尔维亚于同月31日承认之，黑山则于4月5日承认之。
该危机最终导致了奥匈与俄罗斯及塞尔维亚的关系恶化。塞尔维亚认为奥匈帝国对波斯尼亚的并吞是非法的，导致该国的民族主义情绪日渐高涨，并且在塞尔维亚国内出现了“重新统一”波斯尼亚的组织（英语：Black Hand (Serbia)）。最终该事件最终导致了萨拉热窝事件——第一次世界大战导火线的发生。
1914年6月28日，萨拉热窝的加夫里洛·普林西普开枪杀死了奥匈王储法兰兹·斐迪南。在萨拉热窝事件爆发之后，扎维多维奇、莫斯塔尔、沙马茨、多博伊等波黑城市随即爆发反塞族暴乱（英语：Anti-Serb sentiment），后来在约瑟普·法兰克（英语：Josip Frank）主持的克罗地亚权利党（英语：Croatian Party of Rights）驱使下，升级成大屠杀。在大屠杀期间，塞尔维亚教堂、东正教圣地和隶属塞尔维亚公民之财产遭到摧毁。许多塞族人因此成为难民，特别是那些生活在塞尔维亚和黑山边境沿线的塞族人。
波黑的人民在战争期间被投入于第一次世界大战，然波黑的领土并没有被跟着拖进战争，反而是相对地安然无恙。第一次世界大战结束后，波黑成为斯洛文尼亚人、克罗地亚人和塞尔维亚人国的一部分，随后又成为南斯拉夫王国的一部分。
从波黑被奥匈占领到被奥匈并吞期间，波斯尼亚的国家地位及法律地位可以说是“相当地复杂”：表面上他仍然是奥斯曼帝国的省分，同时亦为唯一合法的宗主国，然而实际上它是由奥匈帝国所统治的。哈布斯堡君主制正式法律地位领域中，波黑并没有并入内莱塔尼亚或者外莱塔尼亚的一部分，而是由哈布斯堡皇室所直接统治的直辖帝国，并由奥地利、匈牙利政府代表共同担任，行政方面则由君主制财政部来执行。波斯尼亚的法律体系既不属奥地利人，也不属匈牙利人，其居民也没有因为奥匈的统治而成为奥地利人或匈牙利人的臣民。直到1910年宪法通过之前，该省亦没有任何自治权，也不能参与君主制行政部门。除此之外，一开始的时候，该直辖政府只有行政、财政和立法三个部门，后来建设、经济、教育、宗教、技术等部门瑜随后的碎约中相继成立。而早在1879年之时，波斯尼亚和黑塞哥维那就被奥匈纳入其海关系统。
1883年至1903年期间，波黑的总督是奥匈帝国财政部长贝尼·卡莱（英语：Béni Kállay）。即使是他先前即进行的巴尔干地区外交工作，他也很清楚该省的情况，并立刻制定了专属波斯尼亚和黑塞哥维那的转型计划。卡莱的其中一项计划，便是用现代化的奥地利政府取代封建的土耳其政府。管理、财务和法庭就是按照奥地利当局的例子所编组的。德语成为波斯尼亚和黑塞哥维那政府系统的内定官方语言。卡莱还认为，实现其目标的主要工具是受过高等教育且经严格挑选的官僚机构。在被驱逐之前的土耳其政府有120名官员，1881年时奥匈帝国就有600名，1897年已经有7378名，而在波斯尼亚危机之时，官员人数已经达到了9539名。
后来卡莱的施政逐渐转向开明专制，即在没有人民参与的情况下使政府运作，同时根据哈布斯堡君主制的利益和波斯尼亚财政扩大的可能性，使波斯尼亚更加符合一般帝国的社会经济条件——这为过渡到并吞之程序奠定基础。与此同时，卡莱较不愿意去改变波黑黑当前的社会结构。
1910年2月17日，波黑拥有了宪法，而根据该宪法，议会与省政府将一起召开。议会是根据相同宗教信仰之互选产生的：东正教代表有31个席位；伊斯兰教代表有24个；天主教代表则有16个... 公民被提供了最低限度的宪法权利，并逐渐地扩大了由政府提供的立法保障。根据奥匈帝国当局的说法，有限合宪的概念是“基于波黑人民文化落后之逻辑后果”。宪法将原有的公民权利合法化，并进一步指出，在紧急情况下奥匈当局随时可以限制或废除这些权利。然而，波斯尼亚议会（英语：Diet of Bosnia）没有立法主动权，及控制政府的能力。该权力属于波斯尼亚和黑塞哥维那帝国财政部总办公室所有；而立法权则掌握在皇帝、维也纳和布达佩斯的议会以及联合财政部长手中。该议会只需要提出得到维也纳和布达佩斯两院批准之决定即可。国会对行政机构、国民议会和市议会亦无任何影响，亦无权参与每一项决策，议会只能参与与波黑有关的决定，而关于武装部队、商业和交通建设、海关和类似事项的决定则得由维也纳和布达佩斯之议来决定。
在卡莱时期，全省的经济发展正在有计划进行，有加速现代化的特点在。到20世纪初时，铁路全长已达1684公里，但主要是窄轨铁路。在该时期，铁矿、镁、盐和煤矿皆开发完成。在农业方面，奥匈把蒸汽机和电磨引入波黑，并开始了纯种牛的养殖。同时，基于1858年土地法的土地使用制度仍有土耳其政府的模式存在，一些土地仍然归属于穆斯林贵族所有，其特权亦被保留。基于此，农民仍继续依赖地主的发配。此外，大多数人口都居住在村庄地区，住在城市的人口仅占约波斯尼亚和黑塞哥维那总人口的15%而已。
奥匈帝国对波斯尼亚的政策，以试图保护波斯尼亚的文化多样性和宗教多样性为主。1882年6月4日，奥匈帝国财政部长兼波黑首脑贝尼·卡莱（塞尔维亚-克罗地亚语：Bosnjastvo）所奉行的政策：是在波斯尼亚与其它的强国间，灌输波士尼雅人民一个新的归属感。波黑的社会被认为是“一个以波斯尼亚语为主要语言，同时信仰三种宗教，并且享有平等权利的公平社会”。1861年~1869年间，奥斯曼帝国的大维齐尔托帕尔·奥斯曼帕夏（英语：Topal Osman Pasha）也曾有与之相同的目标。
一方面，此政治步骤正试图将波斯尼亚和黑塞哥维那与其民族主义复兴的邻国（东正教塞尔维亚、天主教克罗地亚和穆斯林奥斯曼帝国）隔开来，并在波斯尼亚东正教和天主教社区中，彻底消去塞尔维亚和克罗埃及亚的国家地位。另一方面，哈布斯堡王朝的统治者利用现存之民族主义思想（尤其是波士尼雅的民间传说和象征主义），来传播专属波斯尼亚的爱国主义概念，其特点维效忠于哈布斯堡王朝政府，也就是奥匈帝国。由此可见，哈布斯堡王朝的政策并非反对民族主义，而是为了发展一种符合奥匈帝国主义利益的民族主义风格。这一政策最终产生了好坏参半的结果。总而言之，大多数塞尔维亚和克罗地亚的政客最终忽视或者反对该政策，那些政客因而失去了波斯尼亚穆斯林群体的支持。与此同时，奥匈帝国官员非常积极的试图让波黑成为繁荣的新领地。阿尔丰斯·慕夏 (Alfons Muha) 等艺术家于1900年之巴黎国际展览会上，展示了波斯尼亚馆，在那里，他们向公众展示了许多关于民俗学和考古学的展品。
一个统一的南斯拉夫国家（通常为假设是由独立的塞尔维亚王国所统治）之想法，在当时为该地区流行的政治意识形态，其中包括波黑直辖省。
波黑的某些穆斯林圈子出版了名为Bošnjak（“波斯尼亚人”）之报纸。该报在波黑、克罗地亚和塞尔维亚引发了激烈讨论。该报支持卡莱的政策，而其目标为加强奥匈帝国在被占领的波黑地区的影响力。尽管卡莱的政策根本没有被穆斯林广泛的接受，但波斯尼亚人报纸之内容仍然代表波斯尼亚和黑塞哥维那的一些穆斯林的愿望。
卡莱的政策最终于1896年和1899年彻底失败，因为波斯尼亚塞族人和穆斯林都开始呼吁宗教、教育自治。卡莱的计划有一定的能力来对抗克罗地亚和塞尔维亚的民族势力走向，但在1899年和1900年之后，他促进波斯尼亚民族认同的政策并没有产生显著效果。在卡莱去世后，该政策马上就被放弃。到1905年十，民族主义已经成为了波斯尼亚政治的其中一个组成部分，与其余三个不同宗教的民族政党，成了主要的被选举对象。
1878年，奥匈帝国占领波斯尼亚和黑塞哥维那后不久，政府将该地区的宗教活动及机构，置于其主权之下。后来奥匈帝国当局颁布了规定，使穆斯林神职人员只需要对奥匈帝国的政府官员负责。这一决定实质上将波斯尼亚穆斯林与奥斯曼帝国和由苏丹统治下的神职人员彻底隔离。穆斯林对于自己的新地位表示不满，因此他们后来形成了日后的穆斯林政治反对派。该穆斯林反对派最初的要求，是要奥匈帝国达成宗教自由，但后来该派变得更强大时，他们开始寻求对奥斯曼帝国的自治权。此外，该穆斯林反对派还寻求与在宗教和教育得到自治的塞尔维亚人联合起来。然而，穆斯林领导层和塞尔维亚人之间悬而未决的土地关系，导致任何联盟的组成遭到重重阻碍，就算达成了该联盟，那也仅为战术上的联盟而已。后来，穆斯林领导层开始高度关注于奥斯曼帝国对波斯尼亚和黑塞哥维那的主权，以及向奥斯曼帝国的谢赫伊斯兰（即伊斯兰知识分子）要求在他们的主持下，自由的进行宗教活动。
随着卡莱在1903年去世，波斯尼亚和黑塞哥维那的局势逐渐明朗。波黑的民族运动逐渐的转变成政党。1906年，穆斯林人民组织成立，1907年，塞尔维亚人民组织成立，1908年，克罗地亚人民联盟（英语：Croat People's Union）成立。此外另一重要的克罗地亚政党是克罗地亚天主教联盟，尽管实际上其人数少于克罗地亚民族联盟。
穆斯林人民组织将波黑视为奥斯曼帝国的一部分，直到1918年奥匈帝国战败为止。他们认为奥匈帝国是一个被西方列强指定去控制波黑的欧洲国家。他们的主要目标是实现穆斯林宗教自由并维持与奥斯曼帝国的联系。他们在1909年获得了宗教自由。
一些在塞尔维亚出版的教科书或塞尔维亚语书籍被封禁。奥匈帝国政府与君士坦丁堡的东正教主教签署了条约，将波黑的塞尔维亚东正教交给牧首控制。塞尔维亚人对于奥匈帝国对其宗教机构的控制表达强烈不满，于是他们开始为了获得宗教自由而斗争。示威在1905年以有利于他们的局面结束。在他们获得宗教自治权后，塞尔维亚人逐渐聚集起来并形成了以报社作为掩护的四个政治团体，其中有三个在后来脱颖而出。他们包括“Srpska riječ”（塞尔维亚的承诺）、佩塔尔·科契奇（英语：Petar Kočić）的“Narod i Otadžbina”（人民和祖国）和“Dan”（一日），他们后来决定联合起来，并组成一个政党，从而有了后来的塞尔维亚人民组织。作为相对多数的人种，塞尔维亚人在政治立场中占有主要地位，因此他们便利用其主导权，要求波斯尼亚和黑塞哥维那从奥斯曼帝国与奥匈帝国手中获得自治权。波黑的塞尔维亚政治团队主要由三大派系主导。塞尔维亚公民政治的主要问题是在农业反应。塞族农民要求农业要从原有的农奴制度中解放出来。另一方面，他们打算继续与穆斯林民族组织合作，藉以实现这一目标。聚集在科契奇周围的《Narod i Otadžbina报》表示：塞尔维亚农民反对穆斯林农民的制度，并希望能借此改变他们的土地立场。科契奇的组织还禁止与奥匈帝国政府进行任何合作。聚集在拉扎尔·迪米特里耶维奇(Lazar Dimitrievich)的《丹报》表示：该组织对于彻底改变土地关系表达支持，并批评塞尔维亚公民领导层对农民的漠不关心，但他们支持改变与奥匈帝国政府的土地关系。塞尔维亚民族组织的主要目标，是废除由奥匈帝国政府所统治的波斯尼亚和黑塞哥维那直辖省，并将波斯尼亚和黑塞哥维那并入塞尔维亚王国。然而，他们也并不排除与奥匈帝国政府维持经济合作。
奥匈当局为了压制塞族的民族复兴，开始限制在波斯尼亚和黑塞哥维那的方济各会活动。皇帝和罗马教廷借此讨论在波黑重建天主教会的问题。皇帝的目标是让波斯尼亚的教会服从他在教会内的世俗权力。最终在1881年，罗马教廷选择让步，条件是皇帝没有在布拉（英语：Bulla (seal)）中，明确提及奥匈帝国的权威，然而他还是这么做了。当奥匈在波斯尼亚和黑塞哥维那建立了对天主教会的世俗权力后，皇帝便在萨拉热窝建立了大教堂，并任命约瑟普·斯塔德勒（英语：Josip Stadler）博士为大主教。在波斯尼亚和黑塞哥维那被占领前，克罗地亚议会曾问皇帝是否来改变波斯尼亚和黑塞哥维那的局势，以便它可以统一克罗地亚-斯洛文尼亚王国和达尔马提亚王国，但是皇帝拒绝接受这个要求，并且将议会解散。奥匈之所以这么做是因为当局早已计划好将波斯尼亚和黑塞哥维那与其邻国克罗地亚和塞尔维亚彻底隔离，并阻止波斯尼亚和黑塞哥维那人民的民族主义复兴。当局不仅封杀克罗地亚和塞尔维亚的国名，还顺带封杀了任何与之有关的旗帜、纹章和民歌。任何强调波斯尼亚和黑塞哥维那之克罗地亚人为三位一体王国之一部分的克罗地亚人共同利益活动，从奥匈占领波黑一开始就被压制，尤其是在卡莱的管理上更是如此。由于他们无法组建政党，克罗地亚人组建了各种音乐社团、阅览室、学校、经济机构和报社。当局禁止那些社团使用“克罗地亚”一词，尽管他们允许塞尔维亚社团使用“塞尔维亚”一词。直到后来奥匈当局才允许使用“克罗地亚人”一词。这项官方政策是由匈牙利所推动的，尤其是在卡莱及其继任者斯蒂芬·布里安·冯·拉杰茨（英语：Stephan Burián von Rajecz）的领导下。他们的政策目标为透过加强塞尔维亚人的地位来削弱克罗地亚人在波斯尼亚和黑塞哥维那的地位，从而降低波斯尼亚和黑塞哥维那与克罗地亚统一的可能性。尽管当局试图将波黑与邻近的斯拉夫国家之影响隔离开来，但波斯尼亚的克罗地亚人民仍然受到来自克罗地亚的三大政治运动：伊利里亚运动、南斯拉夫主义和克罗地亚民族主义（英语：Croatian nationalism）的影响。
克罗地亚的政党有分成两个派系，但他们的运作模式都较为缓慢。克罗地亚的政治派别发生分裂的原因，是因为波斯尼亚省的方济各会和大主教办公室，在大主教管区内的教区组织上存在着分歧。创建属于克罗地亚人的政党的的第一个倡议，为获得方济各会支持的克罗地亚知识分子。1908年，在经过一些准备后，由伊沃·皮拉尔（英语：Ivo Pilar）领导的克罗地亚人民联盟成立。在其计划中，HNZ主张奥匈帝国吞并拨波黑，并与克罗地亚合并、统一。对于与塞尔维亚人的政策上，HNZ主张严格互惠，并拒绝波黑与任何其他国家统一或自治的想法。HNZ没有任何对于社会经济、土地改革的要求，他们还试图与穆斯林人口保持良好的关系——这是获得更多政治力量的唯一途径。正因如此，他们受到了主张废除农奴制度的HKU领导人斯塔德勒的严厉批评。皮拉尔认为，只有克罗地亚人获得穆斯林人口的支持，HNZ的目标才能实现，同时，他批评斯塔德勒为天主教做任何形式的宣传。皮拉尔的主要反对者：斯塔德勒认为：信奉天主教的克罗地亚人应接受宗教教育以外的其他方式，因此主张要将天主教徒和穆斯林之间作出隔离。跟HNZ一样，HKU主张将波黑与其他克罗地亚的领土统一起来，他们还提倡基督教教义。然而与HNZ不同的是，HKU主张废除农奴制度，因为他们与穆斯林没有任何关系。
1910年，波斯尼亚和黑塞哥维那的波斯尼亚议会（Bosanski sabor）成立，这是一个立法机构，土地委员会（Zemaljski savjet）为主要的执行机构，并由土地总督（zemaljski poglavar）领导。出席议会的有以下代表：
除此之外，波斯尼亚还有非议会代表：
议会没有影响行政部门的权力，因此他无法提出问题、讨论议程。立法权亦依然留在奥地利和匈牙利的皇帝、政府手上，议会的立法职能仅能处里地方问题而已。议会由92人组成，其中20人为“可参加可不参加”，他们是由教会和世俗的“高级代表”所组成，包括首席的穆夫提、瓦库夫·梅里夫总督及最受尊敬的穆夫提，也包括萨拉热窝和莫斯塔尔的穆夫提、四名塞尔维亚东正教主教、一名都主教、塞尔维亚东正教理事会副主席，罗马天主教大主教，方济各会的两个省，塞法迪犹太人拉比、最高法院主席、萨拉热窝律师协会主席、萨拉热窝市长和萨拉热窝贸易和工艺学院主席。在当选的72名代表中，16名是天主教徒，24名是穆斯林，31名是东正教徒，1名则委任给犹太人，任期最长5年。选民无法召回其代表。议会议长及其副议长是由皇帝所任命。选举是以教廷制度的基础上举行的：公民根据他们的宗教信仰被分为三个宗教派别，每个派别都以社会群体来区分——城市、农村、大地主或者知识分子。议会中的副主席是按国家与信仰的比例所提供的。
除了议会以外，1910年宪法将政府委员会和区域（Kotar）委员会等机构引入波黑政治体系中。政府委员会的职能包括与议会与其他当局之间的沟通。Kotarskie Vechas是地方自治政府的选举机构，也是根据波黑人口的信仰比例选举、产生的，但其权限被严格限于地方方面，并且主要以经济问题为主，社会和政治问题上则无从涉及。
奥匈帝国皇帝可以依据与罗马教廷、普世牧首和伊斯兰酋长的协议，任命、罢免任何一位宗教领袖，并控制波斯尼亚境内的任何宗教机构。
如果波斯尼亚所有民族社区之社会政治或文化精英的主要代表在1878年以前都是神职人员的话，那么在他们效忠奥匈帝国，并且将资产阶级、自由主义逐渐渗透进去之后，他们精神传导的作用便会下降，因此，不少官员、教师都纷纷开始占据行政、教育机构之职位。在这期间，穆斯林及东正教的神职人员都遭到驱逐，相反地，天主教成为了波斯尼亚的国教。
奥地利对波斯尼亚和黑塞哥维那的占领，导致了波斯尼亚天主教会发生了重大改革。1881年，隶属天主教的萨拉热窝总教区、巴尼亚卢卡教区、莫斯塔尔-杜夫诺教区创立。1884年，位于萨拉热窝的圣心主教座堂开始建造，他于1889年竣工。为了支持这项改革，奥匈帝国还实施增加波斯尼亚和黑塞哥维那天主教人口的政策。到了1914年，大约有20个殖民地是由为天主教定居者所建立，主要来自德国和加利西亚。有180000~200000人被重新安置，这在与大量穆斯林人口离开的期间尤其明显（大概有140000人离开）。然渐渐地，奥匈当局逐渐对方济各会失去信心，因为他们采取的行动相当独立。因此在奥匈结束与梵蒂冈的协约后，他们失去了自己的优势地位，即他们对波斯尼亚天主教的专有权。后来，新任命的大主教施泰德 (Stadler) ——他曾为一名耶稣会成员，于1882年6月14日抵达萨拉热窝，并一直上任到1918年去世为止。他采取了一些措施，将东正教和穆斯林人口试图转变为天主教。天主教神职人员与耶稣会和、方济各会联合起来，奉行削弱民族意识的策略，尤其是信奉天主教的塞尔维亚人。
奥匈当局为了对东正教牧师的活动进行特别控制，开设了一门旨在消除教区学校和小学教育之普遍世俗化的课程。在奥匈1880年与君士坦丁堡牧首区达成协议之后，皇帝获得任命该地区东正教大主教的权力。作为对这些措施之回应，住在波黑地区的东正教居民纷纷发起争取承认教会学校之自治权，以及在学校以西里尔字母来教导儿童的权力之抗争——这在1905年是便得以实现了。
奥匈帝国当局试图将该直辖省的穆斯林人口与奥斯曼帝国的影响彻底隔离开来。为了实现这个目标，法兰茨·约瑟夫皇帝任命他的门生：穆斯塔法·奥梅罗维奇，为波黑直辖省之穆斯林神职人员的领袖。除此之外，该地区的所有穆斯林宗教机构皆得以保留。在1909年，他们获得了教会学校的办学自主权。
