CPK配色

✍ dations ◷ 2025-06-10 08:45:23 #分子建模,色彩

在化学中,CPK配色是一种国际通用的原子或分子模型的配色方式,也是最常用、最多人使用的分子模型上色方式,可用于各种分子模型或元素标示,最常用于CPK模型、球棒模型和空间填充模型。该配色方式由CPK模型的设计者Corey、Pauling(莱纳斯·鲍林)与Koltun提出且改进。

1952年,科里和鲍林发表了描述蛋白质和其他生物分子的空间填充模型,他们已经在加州理工学院制做出一个模型。他们用硬木球表示原子并涂上一些代表性的鲜艳颜色,来表示相应的化学元素。他们的上色模式为:

他们还建立塑料球小模型使用搭配同色系的架构。

1965年,Koltun将Corey和鲍林建模技术的改进版本申请专利获准。在他的专利中,他提到了以下颜色:

现在常用的CPK配色将色彩更变为:

典型的CPK配色包括:

有些CPK颜色是来自于纯元素的颜色或该元素的常见化合物的颜色,以便于记忆。例如,氢是一种无色气体;碳、木炭或石墨皆是黑色;常见的硫是黄色的;氯气是一种绿色气体;溴溶于乙醚是一个暗红色的液体;碘是紫罗兰色的;无定形磷是红色;铁锈是暗橙色红色等。对于一些的颜色,如氧气和氮气,则来源不可考。也许是因为氧气燃烧或含氧血液中血红蛋白呈红色所以将氧定义成红色;氮是地球的大气层的主要组成部分,从而出现到人眼看到的天空为天蓝色因此将氮设定成蓝色。

一般化学键的颜色会依据邻近元素上色,若两端元素相同,则将键漆上邻近原子的颜色,若两端原子不同,则依照电子云可能的分布来决定两端元素在键上上色的比例。有些模型则将键统一涂上同一种颜色,常见的颜色为灰色或白色。离子键一般不会描绘,另外氢键也有人使用黄色的虚线表示

下表显示了一些流行的软件分配给每个元素的颜色。C列是原始由Corey和鲍林设定的CPK配色,K是Koltun的专利,J列是由分子可视化的Jmol使用的配色方案,R列是Rasmol使用的配色方案,其显示两种颜色,第二种表是2.7.3及以后版本所使用的颜色。所有的颜色都很相似的,并且可能依赖于显示硬件和观看条件。

相关

  • 人类微生物群系人类微生物群系(Human microbiome)又称为正常菌群(Normal Flora)是某些微生物与宿主在长期的进化过程中形成共生关系,对生物体无害的一类细菌。它们包括细菌,真菌,古菌,和病毒。虽然
  • 普通B细胞初始B细胞(naive B cell / virgin B cell)系一类还未与抗原接触的B细胞。一旦与抗原接触,它就会增殖分化为记忆B细胞或者能产生能与刺激它的抗原特异性结合的抗体的浆细胞。与
  • 安东尼·鲍森安东尼·“东尼”·詹姆士·鲍森,OC,OOnt,CH,FRS,FRSC(英语:Anthony 'Tony' James Pawson,1952年10月18日-2013年8月7日),英裔加拿大科学家,他的研究带来了对信号转导的革命性理解,这是细
  • 4-甲基-1-戊醇4-甲基-1-戊醇(英语:4-Methyl-1-pentanol,IUPAC名:4-methylpentan-1-ol,也称为异己醇 isohexyl alcohol)是一种醇类的有机化合物,龙眼的果实中有微量异己醇。
  • 毫微闪焰毫微闪焰是出现在日冕,太阳外层的大气层,的非常小的闪焰。古德 (Gold) 是最早提出的微闪焰的假说,尝试用来解释日冕的加热,然后经尤金·帕克继续发展。依据帕克的说法,在磁重联的
  • 开放阅读框开放阅读框(英语:Open reading frame;缩写:ORF;其他译名:开放阅读框架、开放读架等)是指在给定的阅读框架中,不包含终止密码子的一串序列。这段序列是生物个体的基因组中,可能作为蛋
  • 金牌金牌通常是奖励给某项竞赛(例如奥运会等体育比赛)第一名优胜者的奖牌。竞赛的二、三名优胜者一般是分别获得银牌和铜牌。金子是最贵重的金属之一,因此称之为金牌表示该奖项最为
  • 巴沙尔·阿萨德巴沙尔·阿萨德(阿拉伯语:بشار الأسد‎ Baššār al-ʾAsad,1965年9月11日-),现任叙利亚总统兼武装部队总司令、叙利亚复兴党总书记、元帅军衔、已故前总统哈菲兹·阿萨
  • 圭尔夫大学圭尔夫大学(英文:University of Guelph),位于加拿大安大略省圭尔夫市,是加拿大一所规模中等却有着全面教育的公立大学。圭尔夫大学建立于1964年,由安大略省政府通过法案将安大略农
  • 最低作用值最低作用值(英语:Lowest-observed effect level,简称:LOEL)也称最低可见反应剂量,是指人体或动物在接触某种物质时产生反应的频率或严重性在生物学上显著增加的最低剂量。