文件系统层次结构标准（英语：Filesystem Hierarchy Standard，FHS）定义了Linux操作系统中的主要目录及目录内容。FHS由Linux基金会维护。当前版本为3.0版，于2015年发布。
多数Linux发行版遵从FHS标准并且声明其自身政策以维护FHS的要求。 但截至2009年，包括由自由标准小组成员参与开发的版本在内的绝大多数发行版，并不完全执行建议的标准。
当FHS创建之时，其他的UNIX和类Unix操作系统已经有了自己的标准，尤其是hier(7)文件系统布局描述。自从第七版Unix(于1979年)发布以来已经存在，或是SunOS filesystem(7)，和之后的Solaris filesystem(5)。例如，macOS使用如 /Library、 /Applications和/Users 等长名与传统UNIX目录层次保持一致。
现在的Linux发行版包含一个/sys目录作为虚拟文件系统(sysfs，类似于 /proc，一个procfs)，它存储且允许修改连接到系统的设备，然而许多传统UNIX和类Unix操作系统使用/sys作为内核代码树的符号链接。
一些Linux系统如GoboLinux和Syllable Server使用了和FHS完全不同的文件系统层次组织方法。
开发一套文件系统层次结构标准的进程始于1993年8月，标准努力重整Linux的文件和目录结构。FSSTND（英文），一个针对Linux操作系统的文件系统层次结构标准在1994年2月14日发布。 后续的修正版本分别在1994年10月9日和1995年3月28日发布。
在1996年初， 开发一个更加全面的、不仅解决Linux，而且解决其他类Unix系统目录层次结构问题的FSSTND的计划在BSD开发社区成员的协助下正式被采纳。因此，计划重点解决在类Unix系统上普遍存在的问题。 为了适应标准范围的扩充，标准的名称修改为文件系统层次结构标准。
在FHS中，所有的文件和目录都出现在根目录"/"下，即使他们存储在不同的物理设备中。但是请注意，这些目录中的一些可能或可能不会在Unix系统上出现，这取决于系统是否含有某些子系统，例如X窗口系统的安装与否。
这些目录中的绝大多数都在所有的UNIX操作系统中存在，并且一般都以大致类似的方法使用；然而，这里的描述是针对于FHS的，并未考虑除了Linux平台以外的权威性。
关于这个名称目前有争议。在贝尔实验室关于UNIX实现文档的早期版本中，/etc 被称为，这是由于过去此目录中存放所有不属于别处的所有东西（然而，FHS限制/etc只能存放静态配置文件，不能包含二进制文件）。自从早期文档出版以来，目录名称已被以各种方式重新称呼。最近的解释包括反向缩略语如："可编辑的文本配置"（英文 "Editable Text Configuration"）或"扩展工具箱"（英文 "Extended Tool Chest"）。
