北元（蒙古语：ᠤᠮᠠᠷᠠᠲᠤ ᠥᠨ ᠥᠯᠥᠰ，1368年－1388年）（《明史》说法为1402年）指明朝建立并遣徐达大军攻陷元朝首都大都（汗八里）后，退居蒙古高原的原元朝宗室的政权，因国号仍叫大元，以其地处塞北，故称“北元”。北元始于元惠宗至正二十八年（1368年，明太祖洪武元年），终于脱古思帖木儿天元十年（明朝洪武二十一年，1388年），为“都沁·都尔本”（明人称鞑靼和瓦剌）所代替。
元惠宗至正二十八年正月初四日（1368年1月23日）明太祖建立明朝，统一南方，令徐达北伐，徐达率领的军队逼近大都，闰七月二十八日（1368年9月10日），元惠宗夜半开大都的健德门北奔，率太子爱猷识理答腊、后妃、臣僚等撤离大都，八月初二日（1368年9月14日），明军从大都的齐化门攻城而入，元朝对中国的统治结束，回到本土蒙古草原。
元惠宗撤离大都后，继续使用“大元”国号，当时高丽人叫北元。当时政治形势是除了元惠宗据有漠南漠北的蒙古本土，关中还有元将扩廓帖木儿（王保保）驻守甘肃定西，此外元廷还领有东北地区与云南行中书省地区。
明太祖为了驱逐位于蒙古的元廷势力，采取兵分二路，各个击破的方式，此即第一次北伐。至正二十八年八月初四日（1368年9月16日），元惠宗到达上都。至正二十九年六月十三日（1369年7月16日），明军逼近上都，元惠宗撤离上都，当天到达应昌。六月十七日（1369年7月20日），明将常遇春攻克上都。
元惠宗在上都和应昌那里曾两次组织兵力试图收复大都，但都被明军击败。至正三十年（洪武三年）四月二十八日（1370年5月23日）元惠宗因痢疾在应昌去世，享年51岁。皇太子爱猷识理答腊在应昌继承皇位，是为元昭宗，并于1371年改元宣光。至正三十年五月十六日（1370年6月10日），明将李文忠攻克应昌，元昭宗撤至哈拉和林，并坚持抵抗明军。
扩廓帖木儿仍然在漠北多地与明将徐达等人作战。明太祖曾多次写信诏降，但扩廓帖木儿从不理会，被朱元璋称为“当世奇男子”。元昭宗宣光二年（1372年）正月，徐达从雁门出发，向哈拉和林进发。三月，明将蓝玉在土拉河大败扩廓帖木儿。五月，扩廓帖木儿在草原击败明将徐达的这支明军。自此之后，明军十几年不再进攻漠北，直到1388年，蓝玉才再次进攻漠北草原。
宣光二年六月初三（1372年7月3日），明将冯胜大败元军，明朝从元朝治下收取甘肃行中书省地区。
宣光八年（1378年）四月，元昭宗去世，继位的北元后主脱古思帖木儿在1379年六月改年号为天元，继续和明军对抗，屡次侵犯明境。
1371年，元朝辽阳行省平章刘益降明，明朝控制今辽宁南部。然而之外的辽阳行省地区仍由元朝太尉纳哈出控制，纳哈出屯兵二十万于金山（今辽宁省昌图金山堡以北辽河南岸一带），自恃畜牧丰盛，与明军对峙了十几年，多次拒绝明太祖的招抚。1387年，冯胜、傅友德、蓝玉等人发动第五次北伐，目标是攻占纳哈出的金山。经过多次战争，1387年10月，纳哈出投降蓝玉，明朝控制原辽阳等处行中书省的东北地区。
镇守云南的元朝梁王把匝剌瓦尔密，在元朝对中国的统治结束，撤到老家蒙古草原后依然继续忠效之。1371年明太祖派汤和等人领兵攻灭据有四川的明玉珍的明夏政权，并且劝降梁王未果。1381年12月，明军的沐英和傅友德兵分二路攻入云南，天元三年十二月二十二日（1382年1月6日），梁王把匝剌瓦尔密自杀，数月后，元朝云南大理总管段氏投降明军，明军征服云南地区，元朝对云南的统治结束。。
1388年，蓝玉率领明军十五万发动第六次北伐，明军穿越过戈壁沙漠到达草原东部，天元十年四月十二日（1388年5月18日），蓝玉在捕鱼儿海（今贝尔湖）附近大败元军，俘虏北元后主次子地保奴及妃主五十余人、渠率三千、男女七万余，马驼牛羊十万。脱古思帖木儿和长子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十骑逃走。
至此北元国力衰落。天元十年十月，脱古思帖木儿被也速迭尔（阿里不哥后裔）杀害，从1388年开始，蒙古不再使用年号，帝号、大元国号被废弃，北元朝廷结束。
在中外蒙古史学者的论著中，屡见“北元”一词，但是长期以来，对于这一史学概念的使用范畴却众说不一。争论的焦点就是“北元”是指1368－1388年这20年间的蒙古还是指1368－1635年这260多年间的蒙古。传统说法是1402年鬼力赤杀坤帖木儿汗，为北元时期结束的时间（《明史·鞑靼传》）。 关于这个问题，蔡美彪先生和曹永年先生曾作过深入探讨，认为“北元”应适用于脱古思帖木儿败亡而止，即1388年，此后大元国号已取消，仍称蒙古。
“北元”仅指大蒙古国的一个阶段，其根据是：
1388年，北元皇帝、大汗脱古思帖木儿被叛臣也速迭儿弑杀。关于这位弑汗自立的也速迭儿，《华夷译语》中所载降明的蒙古知院捏怯来的奏报称是阿里不哥的子孙。这是一条很重要的史料。当年，蒙哥汗去世，镇守漠北的阿里不哥与控制中原的忽必烈发生汗位之争，结果阿里不哥失败，忽必烈做了蒙古大汗。随后迁都北京，仿汉族王朝模式定国号为“大元”，实行“汉法”，当上了元朝的皇帝。在这个时期，阿里不哥也被忽必烈杀害。忽必烈的所做所为无疑引起了阿里不哥子孙和漠北守旧的蒙古贵族的仇恨。在他们看来，大元是他们不共戴天的仇敌。有元一代，尽管忽必烈及其子孙在祖宗根本之地设立行省，实行宗王出镇制度，但这块龙飞之地却从未平静过。阿里不哥一系为首的反元斗争持续不断，这就是阿里不哥一派地方势力与元朝中央势不两立的明证。在这种心态驱使下，一旦元朝衰落，对蒙古草原的控制减弱，他们就会奋起反元。
在脱古思帖木儿败亡后的很长一段时间里，“部帅纷擎”，战乱频仍，与外界的联系基本中断。当时的明朝在捕鱼儿海战役胜利后，重点亦转向了对内部事务的处理。1398年明太祖去世，翌年太祖四子朱棣与建文帝同室操戈，是为“靖难之役”。这段时间《明实录》基本上没有关于蒙古的记载。直到朱棣“靖难”成功，当上了皇帝，才又重新开始了对北部边防的经略，致书蒙古大汗，要求“遣使往来通好，同为一家”，而此时已是1403年了。这时的蒙古大汗已是鬼力赤（他称汗在1402年左右）。当明朝方面获悉蒙古已去大元国号后，遂有明史“鬼力赤篡立，称可汗，去国号，遂称鞑靼”的误载。事实上，“去国号”的不是鬼力赤，而是也速迭儿。
在以后的蒙古历史上，大元国号仍出现，也先汗、达延汗时期即如此。但是，他们恢复大元国号的举动给汉蒙双方都带来了巨大的震动，这恰好反映出明代蒙古在大多数时期已取消了大元国号这一事实。
大元国号的废弃一定意义上意味着蒙古政权放弃了争夺中原的目标，转为立足于蒙古本身。
“北元”（1368年－1388年）仅代表一个时期的结束，其后进入《明史》所说的鞑靼时期（为明人所称，蒙方一直以蒙古自称）。但是从成吉思汗开始的“大蒙古国”政权仍然继续，鞑靼政权长期沿用元朝时代的汉制职官（如也先官职为太师淮王)，至满都海夫人时才基本取消。“大蒙古国”政权延续至1635年察哈尔部为满洲的后金－清所灭亡。
故大蒙古国（1206年－1635年）依照中国名称的划分，可划为蒙古（1206年－1271年）、元朝（1271年－1368年）、北元（1368年－1388年）、鞑靼（1388年－1635年）。有时“元朝”可泛指从1206年至1368年这段时期。
以下是鞑靼可汗列表。也速迭儿篡位之后不再使用“大元”国号，部分西方学者将鞑靼看作是北元的延续。
此后蒙古降于后金，成为清朝的一部分。
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