菜寮溪是台湾西南部河流曾文溪的一条支流。菜寮溪的源头位于台南市南化区与高雄市内门区交界处的分水山，流经南化区、左镇区，在山上区注入曾文溪。全长约37公里，流域面积121.31平方公里:156。
菜寮溪流域因化石发掘而出名，过去设有菜寮化石馆。之后化石馆于2017年重建成台南左镇化石园区。于2019年5月12日开幕
菜寮溪发源于南化区分水山北麓，流到九空桥处与南化溪合流，之后流入左镇区境内:156。进入左镇区后，菜寮溪往西南流到内庄里水流东的民生桥后，与支流汇合，转往北行:156。经过左镇本部落、摔死猴、邦寮、三重溪、菜寮、松子顶、石子崎等地后，于山上区的牛稠埔流入曾文溪:156。
菜寮溪因河床中有大量化石而知名，一部分菜寮溪的流路区域在大雨后会冲刷出化石。1970年，以一名当地农夫在菜寮溪区域捡到一块古代人类化石为开端，从1971年1978年，考古人员陆续在菜寮溪区域采集出一批古代人类化石。
