第13师团是大日本帝国陆军的一个甲种师团，在1905年时成立，1925年解编；在1937年因中日战争再度组建。该师团所属山田梅二少将的第103旅团违反国际战争法参加了南京大屠杀的暴行。
1937年7月中日战争日趋白热化后，日本常备部队数量不足，所以日本本土开始征召后备军人重组部队；第13师团是由管理仙台一代的第二师管区筹组，1937年9月10日重编。后来列入淞沪会战后期增援部队开赴中国战场，参加了南京保卫战，据信也参与了南京大屠杀。
在南京一役后，第13师团编入了华中派遣军作战序列中，参加了徐州会战、武汉会战等役，虽然上层隶属单位更迭数次，但第13师团一直都在中国大陆战场作战。而甲级师团的2旅4团编制则在1942年12月改组；步兵第58联队（日语：歩兵第58連隊）移交给攻击缅甸的第31师，后来该部队仍持续在华中一代与国民革命军交战，并在豫湘桂会战中占领了桂林、柳州、全县等地。
1945年夏季，因大陆战事趋于不利，该师团首先自云南一带撤退回华中沿海地区；并与第3师团一同列入中国派遣军直属部队。在撤退到长沙时，日军投降，部队在同地缴械。
根据日本战后出版的部队史《若松联队回想录》，第13师团下辖之第65步兵联队在华作战八年期间，可确认之战死人数为3,765人，可确认之病死、意外丧生、自杀身亡人数为907人，合计该联队在抗战期间可确认之死亡人数为4,682人（实际死亡人数应远大于此数）。
第13师团
第13师团
师长（中将职）
参谋长佃勇三郎大佐
