巴拉圭历史主要可以分为以下几个时期：西班牙殖民统治时期，独立时期和现代。
巴拉圭原为印地安人瓜拉尼族（Guarani）定居之地，他们在此居住了将近1000多年。1525年由葡萄牙人阿雷荷·加西亚（Alejo Garcia）发现，1537年西班牙殖民团体首建亚松森市。5年后天主教耶稣会传教士也前往该地传教并教授当地人农牧及手工艺。1767年西班牙殖民者把耶稣会教士驱逐。18世纪，巴拉圭地区是南美洲最大的人口集中地区。
1811年5月15日时巴拉圭脱离西班牙独立，由何塞·加斯帕尔·罗德里格斯·德·弗朗西亚遂行独裁统治。罗德里格斯·弗朗西亚是在巴拉圭历史上最伟大的人物之一。他从1814年开始统治，直到1840年去世，弗朗西亚的成功几乎是凭借一己之力而建设一个强大，繁荣，安全，独立的国家。1840年法学教授卡洛斯·安东尼奥·洛佩斯（Carlos Antonio Lopez）继任独裁者后，始采较开放之政策，从事农工商业各项建设。1844年巴拉圭再设议会，已初具独立国家规模。
老洛佩斯之子弗朗西斯科·索拉诺·洛佩斯（Francisco Solano Lopez）于1862年父死子继掌握政权，醉心军国主义。1865年至1870年间，巴拉圭发动了拉丁美洲史上最惨烈的战争——巴拉圭战争，在5年之间，巴拉圭因为与阿根廷、巴西和乌拉圭三国所合组的联盟对抗作战，折损了全国约2/3的成年男子人口与诸多领土，也造成该国在战后半世纪经济停滞。
早在1869年，蓝党和科罗拉多（红党）的首次出现预示着自由派和科罗拉多之间的政治竞争。从19世纪80年代后期到自由派推翻，巴拉圭政治生活以共和党全国协会-红党为主。
1904年，自由党开始掌权，这个标志着支持科罗拉多的巴西的势力下降，而阿根廷的影响力上升。1906年11月25日，老的自由派英雄贝尼格诺·费雷拉当选总统。
1932年至1935年年的大厦谷战争中，巴拉圭战胜玻利维亚，从玻国取得大片格兰查科地区。翌年巴玻战争之统帅何塞·费利克斯·埃斯蒂加里维亚出任总统，旋于1940年8月重颁宪法，分区治理，政治渐上轨道。
1936年的二月革命推翻了曾经赢得战争的自由党政府。
1947年巴拉圭发生为期六个月之巴拉圭内战后由红党执政。1954年，属红党的斯特罗斯纳将军发动政变，同年9月当选总统，嗣获一再连任迄1989年。
1989年2月，安德烈斯·罗德里格斯将军发动军事政变推翻长期执政的斯特罗斯纳政权。从此开始实行民主制度选举总统。
