吴小南(1963年7月—),男,福建南安人,中国营养学家,福建省厦门医学院院长。
1985年毕业于同济医科大学公共卫生专业,进入福建医科大学任教,曾任预防医学系副主任、卫生学教研室主任。2000年12月晋升教授。2007年获博士学位。2001年10月,任福建医科大学外事办公室主任、港澳台办公室主任。2003年4月,任福建医科大学海峡学院院长,校长办公室副主任,大学城新校区管委会常务副主任。2005年至2016年,任福建医科大学副校长。2016年5月至2017年6月,任厦门医学高等专科学校校长。2017年6月,任厦门医学院院长。