百日咳疫苗是用来避免百日咳的疫苗。 目前疫苗可分为全细胞疫苗和非细胞性疫苗两类。 全细胞疫苗有78%的效力，而非细胞性疫苗有71-85%的效力。 施打疫苗后，疫苗的效力每年会下降2到10%，而非细胞性疫苗的效力下降较全细胞疫苗更快。 于怀孕期间施打百日咳疫苗，能保护胎儿。 根据估计，百日咳疫苗于2002年拯救超过50万名孩童。
世界卫生组织与疾病管制局都建议，所有孩童应该例行注射百日咳疫苗。 即便是人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者。胎儿出生后六周内开始，一直到出生后18月需要施打总共三剂的百日咳疫苗。 一直到青春期，还可能需要多施打几剂，延长效力。目前百日咳、白喉、破伤风疫苗为常见的三合一疫苗，有DPT或DTaP两种。
由于副作用较少，发达国家较常使用无细胞疫苗。 大约有10到50%的人，在注射全细胞疫苗后，注射处会出现红疹以及发烧症状。低于1%的婴儿会出现热性痉挛和哭闹不停。注射非细胞性疫苗，手臂可能会轻微水肿。两种疫苗都有类似的副作用，但越小的孩子注射全细胞疫苗，副作用越低。六岁以后，不应该再注射全细胞疫苗。但不论哪一种疫苗都不会导致永久性神经症状。
1914年首次研制成功“全细胞百日咳疫苗”：将细菌大量培养增殖后，沉降菌体，用甲醛溶液在一定温度下灭活成无传染性但具有免疫原性的菌体液；把不同血清型的菌体液按比例配合后，制成百日咳疫苗原液。
百日咳疫苗在1926年开发完成。
20世纪80年代初，分离提纯了百日咳毒素（PT）与丝状血凝素（FHA），日本率先研制出“无细胞百日咳疫苗”。解决了“全细胞百日咳疫苗”高反应原性带来的问题。欧美还在疫苗中加入了“菌毛”（Fim2、Fim3）。
此疫苗是世界卫生组织必须药物清单中的药物，建议所有公卫系统都应该具备。 2014年在美国，一剂混合破伤风、白喉、小儿麻痹和嗜血杆菌的疫苗约15.41美金。
