瞿九思（1546年－1617年），字睿夫，号慕川，黄梅人（今湖北省黄冈市黄梅县），明代理学家。著有《乐章》、《万历武功录》、《孔庙礼乐考》五卷、《书经以俟录》六卷、《诗经以俟录》六卷、文集七十五卷。
瞿九思十岁随父亲前往江西吉安，拜罗洪先为师。十五岁做《定志论》，与同乡耿定向关系甚密，曾于白鹿、濂溪、岳麓、石鼓等书院讲学。嘉靖四十三年（1564年），瞿九思十九岁，与石氏结婚。隔年（1565年），师从耿定向攻读《春秋》。
万历元年（1573年），瞿九思乡试中举。瞿九思在家乡居住了两年。
万历三年（1575年），黄梅县令张维翰违反制度苛刻繁重的捐税，被气愤的百姓们围殴，张维翰认为是瞿九思煽动百姓，便以倡乱罪逮捕他。巡按御史向程弹劾张维翰是因为自身的作为激起民变，吏部尚书张瀚庇护张维翰，咬定瞿九思聚众截围拥殴，明神宗判断瞿九思有罪，而向程姑息纵恶，颠倒是非，暂且不追究。
万历四年（1576年），瞿九思被囚禁于武昌监狱。十三岁的瞿九思长子瞿甲，上书数千字为父伸冤，次子瞿罕也上书朝廷，万历六年（1578年），瞿九思刑期满，案大明律瞿九思被流放边塞。
万历十年（1582年），屠隆受瞿甲兄弟的孝心感动，上呈《为瞿睿夫讼冤书》为瞿九思讼冤，翰林院编修冯梦祯亦向张居正阐述冤情，张居正知道瞿九思的才华，湖广巡抚陈省、巡按钱岱重审瞿九思案，在众人的帮助下，瞿九思获释回乡。
万历三十七年（1609年），瞿九思冤案得以昭雪，万历三十八年（1610年），瞿九思受抚按推荐，瞿九思被任命翰林待诏。瞿九思力辞不受，朝廷命令当地官府每年必须给瞿九思米六十石作终身俸，资助瞿九思著作，期间有受御史史学迁请求，前往广济龙坪镇创办江汉书院讲学。瞿九思撰《乐章》及《万历武功录》，派次子瞿罕进呈。
万历四十五年（1617年）瞿九思逝世，享寿七十一岁。
潘克溥《蕲州志》、《湖广通志》均有提及瞿九思师事李时珍，而《明史》及《黄梅县志》未见纪载此事。王吉民《李时珍年谱》直接记载珍有得意门生有二人：一为庞鹿门，是传他的医学，一为瞿九思，是传他的理学和文学。
瞿九思认为鞑靼远离家乡入侵他国，是因为北方没有美人，想要制驭他们，只有让北方也多出产美女，让鞑靼女人学习中国的习俗，都缠足，效仿中土服装，学习柳腰莲步、娇弱可怜之态，使鞑靼男人沉迷女色，必定能让鞑靼失去凶悍习性，不战而胜。
